药店店长离职交接时要求交货损是否合法，需分情况讨论：

1. 若劳动合同或公司规章制度中有明确规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者在离职时应当按照双方约定办理工作交接。如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了离职时需要交接货损情况，或者将货损处理作为离职交接的一部分，那么药店要求店长交货损是合法的。这种情况下，店长应当配合完成货损的交接工作，包括但不限于提供货损清单、说明货损原因等。

2. 若劳动合同或公司规章制度中无明确规定，但货损与店长职责直接相关：

   • 如果货损是由于店长的管理不善或过失导致的，并且这种货损与店长的职责有直接关系，那么药店在离职交接时要求店长承担一定的货损责任也是合理的。不过，这种情况下，药店需要提供充分的证据证明货损与店长的过失有关，并且店长承担的责任应当与其过失程度相适应。

3. 若劳动合同或公司规章制度中无明确规定，且货损与店长职责无直接关系：

   • 如果货损并非由于店长的过失或管理不善导致，或者货损与店长的职责没有直接关系，那么药店在离职交接时要求店长交货损可能缺乏合法依据。在这种情况下，店长有权拒绝不合理的货损交接要求，并可以寻求法律援助来维护自己的合法权益。

法律建议：

• 对于药店而言，应当在劳动合同或公司规章制度中明确规定离职交接的相关事项，包括货损的处理方式，以避免不必要的纠纷。
• 对于店长而言，在离职交接时应当仔细审查劳动合同和公司规章制度，了解自己的权利和义务。如果药店提出不合理的货损交接要求，店长可以与药店进行协商，或者寻求劳动仲裁或法律诉讼等途径来解决争议。

可能后果：

• 如果药店不合理地要求店长交货损，并且店长拒绝配合，可能会导致离职交接进程受阻，甚至引发劳动争议。在这种情况下，双方都需要承担一定的法律风险和成本。

综上所述，药店店长离职交接时要求交货损是否合法，取决于劳动合同、公司规章制度以及货损与店长职责的直接关系。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。