关于您提出的问题，核心结论是：儿子收取的款项能否退款，取决于合同的具体履行情况、款项性质以及儿子在合同中的法律地位等多个因素。以下是我从不同角度为您进行的分析：
一、合同履行情况
合同已部分或全部履行：
- 如果父亲作为承包方已经按照合同约定履行了部分或全部义务（如提供了土地、完成了种植等），而对方（发包方）未支付相应款项或支付不足，此时儿子收取的款项若属于对方应支付的合同款项，则退款问题需根据合同具体条款和双方协商结果来确定。若合同中有明确约定，应按照约定执行；若无约定，则可能需通过法律途径解决争议。
- 若儿子收取的是预付款或定金，且合同因故未能继续履行，根据《民法典》的相关规定，若因发包方原因导致合同无法履行，儿子（作为收款方代表）通常应退还预付款或定金；若因承包方（即您父亲）原因导致合同无法履行，则可能需根据双方过错程度来分担损失，退款金额也会相应调整。
合同未履行：
- 如果合同尚未开始履行，或者因某种原因（如双方协商一致解除合同、因不可抗力导致合同无法履行等）而终止，那么儿子收取的款项原则上应当退还。这是因为合同未履行，收款方没有合法依据保留该款项。
二、款项性质
- 如果儿子收取的款项是合同约定的对价（即发包方应支付给承包方的费用），且合同已部分或全部履行，则退款问题需结合合同履行情况来考虑。
- 如果儿子收取的款项是额外费用或不当得利（如未经对方同意擅自收取的费用），则无论合同是否履行，儿子都应当退还该款项。因为不当得利是指没有合法依据而获得利益，应当返还给受损方。
三、儿子在合同中的法律地位
- 如果儿子是合同的当事人之一（如作为共同承包人或代理人），则其收取款项的行为可能被视为合同行为的一部分，退款问题需根据合同条款和双方协商结果来确定。
- 如果儿子并非合同的当事人，而是仅作为父亲（承包方）的代理人或助手收取款项，则其退款责任可能取决于其代理权限和父亲（承包方）的指示。若儿子超出代理权限收取款项或未按照父亲指示处理款项，则可能需承担相应的法律责任。
四、法律建议
- 审查合同条款：首先，应仔细审查土地承包合同的条款，了解双方的权利义务、付款方式、违约责任等关键内容。
- 收集证据：收集与合同履行、款项收取相关的所有证据，如合同文本、付款凭证、沟通记录等。
- 协商解决：在了解合同情况和收集证据的基础上，尝试与对方进行协商，寻求和解或达成退款协议。
- 法律途径：如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决争议，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和解决方案。