公交司机工作12小时一般是不合法的，但具体是否违法需结合实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 从工作时间规定来看

• 根据《劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。公交司机作为劳动者，其工作时间原则上应遵守这一规定。
• 若公交司机的工作时间超过了法定标准，即每日超过8小时或每周超过44小时，且未获得相应的加班补偿或调休，那么这种工作安排就是不合法的。

2. 从加班与补偿角度来看

• 根据《劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
• 如果公交司机的工作时间超过了上述限制，且未获得加班费或调休等补偿措施，那么这种工作安排就违反了法律规定。
• 加班费的具体计算方式通常根据劳动者正常工作时间工资和加班时间来确定。例如，工作日加班的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

3. 从特殊工时制度角度来看

• 某些行业或岗位可能实行不定时工作制或综合计算工时工作制等特殊工时制度。但这些制度的实施需要经过劳动行政部门的批准，并且应确保劳动者的休息权利和身体健康。
• 如果公交司机所在单位实行了特殊工时制度，并且该制度已经得到了劳动行政部门的批准，同时确保了公交司机的休息权利和身体健康，那么公交司机工作12小时可能在一定程度上是合法的。但即便如此，也应确保公交司机的工作时间不超过法定限制，并获得相应的加班补偿。

4. 实际建议

• 如果您是公交司机，且发现自己的工作时间超过了法定标准或未获得相应的加班补偿，建议您首先与用人单位进行沟通协商，要求调整工作时间或获得加班补偿。
• 如果沟通协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉举报，或者依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总结来看，公交司机工作12小时一般是不合法的，除非存在特殊工时制度且已得到劳动行政部门的批准，并确保了公交司机的休息权利和身体健康。如果您遇到此类问题，建议及时咨询并寻求法律帮助。