针对招标代理公司推荐且已选定的中标公司，若甲方不同意，可依据以下不同情况进行分析和处理：

1. 招标程序合法合规，甲方无正当理由不同意

   • 法律背景：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招标程序一旦合法完成，中标结果即具有法律效力。甲方作为招标人，应当尊重并接受招标结果，除非存在法定事由（如中标人存在违法行为、不符合招标文件要求等），否则不得随意否决。
   • 法律建议：若甲方无正当理由不同意中标结果，招标代理公司及中标公司可首先与甲方进行沟通协商，明确甲方的反对理由，并尝试通过协商解决分歧。若协商无果，中标公司可依据招标文件、中标通知书及相关法律法规，向有关行政监督部门投诉，要求甲方履行合同义务。
   • 可能法律后果：若甲方坚持否决中标结果且无法定事由，可能面临行政监督部门的处罚，包括但不限于警告、罚款等。同时，中标公司有权要求甲方赔偿因否决中标结果而造成的损失。

2. 招标程序存在瑕疵，甲方提出合理异议

   • 法律背景：若招标程序在实施过程中存在瑕疵（如招标文件编制不规范、评标过程不公正等），甲方有权提出异议，并要求重新招标或采取其他补救措施。
   • 法律建议：在此情况下，招标代理公司应首先对招标程序进行全面审查，确认是否存在瑕疵。若存在瑕疵，应积极与甲方沟通，协商解决方案，如重新招标、修正招标文件等。同时，招标代理公司应加强对招标程序的监督和管理，确保后续招标活动的合法性和公正性。
   • 可能法律后果：若招标程序确实存在瑕疵，且未得到及时纠正，可能导致招标结果无效，招标代理公司及中标公司可能面临重新招标、赔偿损失等法律后果。

3. 甲方因自身原因（如资金、项目调整等）不同意中标结果

   • 法律背景：甲方因自身原因（如资金短缺、项目调整等）不同意中标结果，并不构成法定否决中标的事由。在此情况下，甲方应承担相应的违约责任。
   • 法律建议：中标公司可与甲方进行协商，了解甲方的具体困难和需求，尝试通过修改合同条款、延期履行等方式解决分歧。若协商无果，中标公司可依据合同及相关法律法规，向甲方主张违约责任，要求甲方赔偿因违约而造成的损失。
   • 可能法律后果：若甲方因自身原因不同意中标结果且未与中标公司达成协商解决方案，可能面临中标公司的违约索赔，包括但不限于赔偿损失、支付违约金等。

针对不同情况，招标代理公司和中标公司应采取以下措施：

• 加强沟通协商：与甲方保持密切沟通，了解甲方的反对理由和需求，尝试通过协商解决分歧。
• 审查招标程序：对招标程序进行全面审查，确认是否存在瑕疵或违法行为，并及时采取纠正措施。
• 依法维权：若甲方无正当理由不同意中标结果或存在违法行为，中标公司可依法向有关行政监督部门投诉或提起诉讼，维护自身合法权益。

在实际操作中，建议招标代理公司和中标公司密切关注招标活动的合法性和公正性，加强与甲方的沟通协商，确保招标结果的顺利实施。如有任何法律问题，可直接向我咨询。