非依法必须招标的项目，经过两年后签署三方协议更换主体，是否构成实质性条款变更，需结合具体情况判断，但核心在于是否背离了原中标合同的实质性内容。以下从不同角度进行分析：
一、实质性条款变更的法律依据
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》第二十三条，发包人将依法不属于必须招标的建设工程进行招标后，与承包人另行订立的建设工程施工合同背离中标合同的实质性内容，当事人请求以中标合同作为结算建设工程价款依据的，人民法院应予支持。但存在例外，即发包人与承包人因客观情况发生了在招标投标时难以预见的变化而另行订立建设工程施工合同的除外。
二、三方协议更换主体是否构成实质性条款变更
若三方协议未背离原中标合同实质性内容：
- 例如，更换主体是由于原承包人因合并、分立等原因导致主体资格变更，且新主体完全承继了原承包人的权利和义务，未对原合同的实质性内容（如工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等）产生任何影响，则不构成实质性条款变更。
若三方协议背离了原中标合同实质性内容：
- 例如，更换主体后，新主体与发包人重新约定了工程价款、建设工期等实质性内容，且这些约定与原中标合同存在显著差异，则可能构成实质性条款变更。
- 在此情况下，若无法证明存在“客观情况发生了在招标投标时难以预见的变化”这一例外情形，则当事人请求以原中标合同作为结算建设工程价款依据的，人民法院应予支持。
三、时间因素（两年后）的影响
- 时间因素本身并不直接决定是否构成实质性条款变更。关键在于，在这两年期间，是否发生了在招标投标时难以预见的变化，以及这些变化是否导致了合同实质性内容的变更。
- 如果两年间发生了重大变化（如原材料价格大幅上涨、人工单价发生重大变化、建设工程的规划或设计发生重大变化等），且这些变化是当事人在招标投标时难以预见的，那么当事人可能因此另行订立合同对原合同相关条款进行变更，这不构成违法变更。
四、建议与风险提示
对于发包人：
- 在签署三方协议前，应仔细审查协议内容，确保不背离原中标合同的实质性内容。
- 若确实需要因客观情况变化而变更合同，应保留相关证据，以证明变更的合理性和必要性。
对于承包人：
- 在签署三方协议前，应评估协议对原合同实质性内容的影响，避免自身权益受损。
- 若发现发包人试图通过三方协议背离原中标合同实质性内容，应及时提出异议并寻求法律救济。
风险提示：
- 未经合法程序擅自变更中标合同实质性内容，可能面临法律纠纷和不利后果。
- 在签署任何协议前，建议咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。
如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。