通过招标的项目在招标后通过补充协议的方式变更主要内容，其合法性需根据变更的具体内容及程序来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、合法变更的情形

1. 非实质性变更：

   • 如果补充协议变更的内容并非招标文件和中标合同中的实质性条款，如仅对一些技术细节、履行期限的微调（且这种微调不改变合同的基本性质和目的），或者是对一些非关键性条款的补充完善，那么这种变更通常是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，虽然强调招标投标活动的严肃性，但并未完全禁止对非实质性内容的变更。只要这种变更不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益，且符合双方当事人的真实意愿，就应当被允许。

2. 双方协商一致且符合法定程序：

   • 如果补充协议的变更内容是双方经过充分协商，达成一致意见，并且按照法定程序进行了变更登记或备案（如需要的话），那么这种变更也是合法的。
   • 实践操作：在实际操作中，双方应当签订书面的补充协议，明确变更的内容、原因、责任等，并确保这种变更不违反法律法规的强制性规定。

二、非法变更的情形

1. 实质性变更：

   • 如果补充协议变更的内容涉及招标文件和中标合同中的实质性条款，如工程范围、建设工期、工程质量、工程造价等，那么这种变更通常是不合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条：“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。”
   • 法律后果：如果违反这一规定，可能会面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等；同时，这种变更也可能被认定为无效，导致双方当事人需要承担相应的民事责任。

2. 未经过法定程序或损害第三方利益：

   • 如果补充协议的变更未经过必要的法定程序，如未进行变更登记或备案（如需要的话），或者变更内容损害了国家利益、社会公共利益或他人合法权益，那么这种变更也是不合法的。
   • 实践注意：在签订补充协议时，双方应当确保变更内容不违反法律法规的强制性规定，不损害第三方利益，并按照法定程序进行变更。

三、建议与风险提示

• 谨慎变更：在签订补充协议前，双方应当仔细审查变更内容是否涉及实质性条款，是否符合法律法规的规定，以及是否可能损害第三方利益。
• 咨询专业律师：如果涉及复杂的变更内容或存在法律风险，建议咨询专业律师的意见，以确保变更的合法性和有效性。
• 保留证据：在签订补充协议时，双方应当保留好相关的证据材料，如会议纪要、往来函件等，以备不时之需。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。