结论：企业投资项目履约过程中发生变化，重新签订合作协议，是否违反《招标投标法实施条例》，需根据具体情况判断，主要看是否属于必须招标的项目以及重新签订协议是否改变了原招标文件或中标文件中的实质性内容。

分析如下：

1. 必须招标的项目范围：

   • 根据《招标投标法》及其实施条例，某些特定类型的项目，如关系社会公共利益、公众安全的基础设施项目，以及使用国有资金投资或国家融资的项目等，是必须进行招标的。如果原项目属于必须招标的范围，那么在履约过程中发生变化时，重新签订合作协议就需要特别谨慎。

2. 重新签订协议是否改变实质性内容：

   • 即使项目属于必须招标的范围，如果重新签订的合作协议并未改变原招标文件或中标文件中的实质性内容（如工程范围、建设工期、工程质量、工程造价等），那么这种重新签订协议的行为通常不会被视为违反《招标投标法实施条例》。实质性内容的变更，往往涉及到招标投标活动的公平性和公正性，因此是受到严格限制的。

3. 非必须招标项目的情况：

   • 如果原项目并不属于必须招标的范围，那么企业在履约过程中发生变化时，重新签订合作协议的自由度就相对较大。当然，这并不意味着可以随意变更合同内容，仍然需要遵循合同法的相关规定，确保合同的合法性和有效性。

4. 法律后果与风险：

   • 如果重新签订的合作协议违反了《招标投标法实施条例》的相关规定，比如改变了必须招标项目的实质性内容而未重新进行招标，那么可能会面临法律责任，包括但不限于合同无效、罚款、责令改正等。因此，企业在决定重新签订合作协议前，应充分评估法律风险，并咨询专业律师的意见。

建议：

• 在决定重新签订合作协议前，企业应首先确认原项目是否属于必须招标的范围。
• 如果属于必须招标的范围，应仔细审查新协议是否改变了原招标文件或中标文件中的实质性内容。
• 在不确定或存在疑问的情况下，建议咨询专业律师，以确保重新签订的合作协议符合法律法规的要求，避免潜在的法律风险。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的解答。