店铺搬迁不超过三公里是否合法，不能一概而论，需结合具体情况及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
若租赁合同中有明确约定：
- 如果租赁合同中明确规定了店铺的搬迁条款，包括搬迁的距离、时间、补偿等，那么双方应严格按照合同约定执行。在此情况下，店铺搬迁不超过三公里是否合法，需依据合同的具体条款来判断。
- 若合同未明确规定搬迁距离，但规定了搬迁需经双方协商一致，那么搬迁行为需得到双方的同意。未经同意擅自搬迁，即使距离不超过三公里，也可能构成违约。
若租赁合同中无明确约定：
- 在没有合同约定的情况下，店铺的搬迁行为需遵循相关法律法规及公平、诚实信用的原则。
二、法律法规角度
城市规划与建设法规：
- 如果店铺搬迁是由于城市规划或建设需要，如道路扩建、城市改造等，且搬迁行为符合相关规划法规，那么搬迁行为通常是合法的。
- 但在此情况下，政府或相关部门应给予店铺合理的补偿，以保障其合法权益。
商业经营法规：
- 店铺搬迁可能涉及商业经营法规的遵守，如是否需要办理相关证照变更、是否符合商业布局规划等。
- 如果搬迁行为违反了商业经营法规，即使距离不超过三公里，也可能被认定为非法。
三、实际操作与建议
审查合同条款：
- 在面临店铺搬迁问题时，首先应审查租赁合同中的相关条款，明确双方的权利和义务。
咨询相关部门：
- 如果搬迁是由于城市规划或建设需要，建议咨询当地城市规划部门或建设部门，了解搬迁的合法性和补偿政策。
协商与调解：
- 在搬迁问题上，双方应积极进行协商和调解，以达成互利共赢的解决方案。
法律途径：
- 如果协商无果，且认为搬迁行为侵犯了自己的合法权益，可以通过法律途径来维护自己的权益，如提起诉讼或申请仲裁。
具体案例分析：假设某店铺与房东签订的租赁合同中未明确规定搬迁条款，但房东因个人原因要求店铺搬迁不超过三公里。在此情况下，店铺有权要求房东提供合理的搬迁理由和补偿方案。如果房东无法提供合理理由或补偿方案，店铺可以拒绝搬迁，并通过法律途径来维护自己的权益。