公司使用总经理助理账户收款并发工资，这一行为是否违法需视具体情况而定，但确实存在潜在的法律风险和不合规因素。以下从不同角度为您详细分析：

1. 税务与社保缴纳责任

• 核心问题：公司使用私人账户（如总经理助理账户）发放工资，可能被视为规避税务和社保缴纳责任。
• 法律依据：根据《中华人民共和国税收征收管理法》和《社会保险费征缴暂行条例》，企业有义务代扣代缴个人所得税，并按时足额缴纳社会保险费。若通过私人账户发放工资，可能难以证明工资的实际发放情况，从而逃避相关税费和社保费用。
• 法律后果：一旦被税务或社保部门查处，公司可能面临补缴税费、滞纳金、罚款，甚至被追究刑事责任的风险。

2. 工资支付合规性

• 合规要求：工资支付应通过公司对公账户进行，以确保工资发放的透明度和可追溯性。这有助于维护员工的合法权益，避免劳动纠纷。
• 临时或间歇操作：如果公司偶尔使用私人账户发放工资，且能确保工资全额支付、合法纳税，并保留完整的支付记录，通常不会被视为严重违法。但长期采用此类方法，可能引发劳动监察部门的关注和审查。
• 长期风险：长期使用私人账户发放工资，可能被视为未按照劳动合同约定和国家规定及时足额支付劳动报酬，从而违反《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。

3. 员工权益保护

• 权益受损：使用私人账户发放工资，可能导致员工在维权时面临举证困难。例如，在申请工伤认定、要求经济补偿等情况下，员工可能难以提供有效的工资支付证明。
• 建议：为保护员工权益，公司应规范工资支付方式，确保工资通过公司对公账户发放，并保留完整的支付记录。

4. 实际操作建议

• 规范操作：公司应尽快调整工资支付方式，使用公司对公账户发放工资，并确保工资支付记录的完整性和可追溯性。
• 完善制度：建立健全的财务管理制度，明确工资支付流程和责任人，避免因个人行为导致公司面临法律风险。
• 咨询专业律师：如公司对工资支付方式存在疑问或需要进一步了解相关法律法规，建议及时咨询专业律师，以确保公司运营的合规性。

总结来看，虽然公司偶尔使用总经理助理账户发放工资不一定直接违法，但长期采用此类方法存在较大的法律风险和不合规因素。为维护公司利益和员工权益，建议公司规范工资支付方式，确保工资通过公司对公账户发放，并遵守相关法律法规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。