公司资金先转到员工个人账户，再转到公司总经理个人账户的行为，是否违法需根据具体情况判断，但该操作模式本身存在较高违法风险。以下从不同角度详细分析：

一、合法情形（需同时满足以下条件）

1. 业务必要性
   若转账行为基于真实业务需求（如员工代收货款后转交公司、总经理因公垫付费用后报销等），且符合公司财务制度，则可能合法。
   示例：公司委托员工代收客户货款，员工收到后立即转至总经理账户用于公司紧急采购，且留存合同、收据等凭证。

2. 程序合规性
   需履行完整审批流程，包括：

   • 转账前经公司决策机构（如董事会、股东会）决议；
     
   • 转账后及时入账并纳入财务核算；
     
   • 涉及税务的依法申报纳税（如视为工资、分红等需代扣个税）。

3. 资金用途合法性
   资金最终用途需与公司经营相关，不得用于个人消费、投资等非公司事务。

二、违法情形及法律风险

1. 挪用资金罪（《刑法》第272条）

   • 构成要件：公司工作人员利用职务便利，将资金转至个人账户归个人使用或借贷他人，数额较大（≥10万元）、超过3个月未还，或进行营利/非法活动。
     
   • 风险点：若总经理指示员工转账后将资金用于个人投资、偿还赌债等，可能涉嫌此罪。

2. 职务侵占罪（《刑法》第271条）

   • 构成要件：以非法占有为目的，将公司财物据为己有，数额较大（≥6万元）。
     
   • 风险点：若转账行为本质是总经理通过员工账户套取公司资金，可能构成此罪。

3. 逃税罪（《刑法》第201条）

   • 构成要件：通过隐瞒收入、虚列成本等方式逃避纳税，数额较大（如逃避缴纳税款占应纳税额10%以上）。
     
   • 风险点：若转账目的是将公司收入“体外循环”以少缴企业所得税、增值税等，可能涉嫌逃税。

4. 其他风险

   • 民事责任：若因转账导致公司无法清偿债务，股东可能需在抽逃出资范围内承担连带责任（《公司法解释三》第14条）。
     
   • 行政处罚：公司可能因财务违规被税务、市场监管部门处罚（如罚款、吊销执照）。

三、法律建议

1. 对公司的建议

   • 严禁通过个人账户流转公司资金，确需代收代付的，应签订书面协议并留存凭证；
     
   • 建立“公私分明”的财务制度，明确审批权限和流程；
     
   • 定期审计资金流向，防范内部人员违规操作。

2. 对员工的建议

   • 拒绝参与无合法依据的转账行为，避免成为共犯；
     
   • 保留转账指令、审批记录等证据，以证明自身无过错。

3. 对总经理的建议

   • 若需使用公司资金，应通过正规借款流程（如签订借款合同、约定利息和还款期限）；
     
   • 避免将个人账户与公司账户混同，防止财产混同风险。

若您遇到此类问题，可直接向我咨询，我会结合具体细节（如转账金额、用途、审批流程等）进一步分析风险并提供应对方案。