双方合同有同样修改痕迹时，其有效性需视具体情况而定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、双方协商一致修改的情况
有效情形：
- 当合同双方当事人通过协商一致对合同内容进行修改，并在修改处签字、盖章或按手印以明确表示认可该修改时，合同仍然有效。这种修改行为体现了双方的真实意思表示，且未违反法律、行政法规的强制性规定，也未违背公序良俗。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条，当事人协商一致，可以变更合同。同时，根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，具备行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定且不违背公序良俗等条件的民事法律行为有效。
实际案例：
- 例如，甲乙双方签订了一份买卖合同，后协商变更了货物数量。双方在修改处签字确认，此修改后的合同就具有法律效力，双方应按修改后的内容履行。
二、一方擅自修改的情况
修改部分无效：
- 若合同中的修改痕迹是某一方未经对方同意而单方面进行的，那么这种修改部分是无效的。因为擅自修改违背了合同订立需双方意思表示一致的基本原则，且未经对方追认，修改内容不对对方产生法律约束力。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一百三十六条，民事法律行为自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。行为人非依法律规定或者未经对方同意，不得擅自变更或者解除民事法律行为。
实际案例：
- 例如，员工私自修改劳动合同条款，未获用人单位认可。这种情况下，被擅自修改的部分对用人单位不产生效力，用人单位仍可按原合同条款执行。
三、无法确定修改情况
效力待定：
- 当合同存在修改痕迹，但无法确定是双方协商一致修改还是一方擅自修改时，合同的效力处于不确定状态（即效力待定）。此时，需要通过其他证据（如聊天记录、邮件往来、证人证言等）来证明修改是否经过双方同意。若能证明是双方协商一致修改，则合同有效；反之，若无法证明且对方不认可修改内容，则修改部分可能被认定无效。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第六十七条，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据。
建议措施：
- 在这种情况下，建议合同双方及时沟通，明确修改意图，并尽可能通过书面形式确认修改内容。若无法达成一致，可考虑通过法律途径解决争议。
四、修改痕迹对合同实质性内容的影响
- 改动痕迹若影响到合同的实质性内容，如标的、价款、履行期限等，也可能对合同效力产生影响。在这种情况下，即使修改是双方协商一致的，也可能因为违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗而无效。
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条关于民事法律行为有效的条件规定。
总结与建议：
- 合同有修改痕迹时，其有效性主要取决于修改行为是否经过合同双方当事人的合法确认，并需符合相关法律法规的规定。
- 在实际操作中，建议合同双方在修改合同时务必明确记录修改过程，并确保双方均对修改内容表示认可。这可以通过在修改处签字、盖章或按手印等方式实现。
- 若遇到合同修改争议，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自身合法权益。
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