合同有更改的痕迹，其法律效力需根据更改的具体情况和性质来确定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、合同更改经双方协商一致
有效情形：
- 如果合同的更改是在双方当事人协商一致的基础上进行的，并且在更改处有双方的签字、盖章或按手印等明确的确认行为，那么这种更改是合法有效的。
- 更改后的内容将取代原合同中对应的条款，双方应严格按照更改后的合同履行各自的权利和义务。例如，双方原本约定的交货时间因故需要推迟，经过协商一致后，在合同上修改了交货时间并签字确认，那么这一更改就是有效的。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条：“当事人协商一致，可以变更合同。”
- 同时，根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
二、合同更改未经对方同意
无效情形：
- 一方未经另一方同意擅自对合同进行更改的，该更改部分原则上对未同意的一方不产生法律效力。
- 原合同的相关条款依然保持有效，双方应按照原合同的约定履行。例如，一方擅自修改了合同中的价格条款，但另一方并未同意，那么这一修改就是无效的，双方仍应按照原价格履行合同。
事后追认：
- 若另一方事后追认了更改行为，则该更改部分对追认方产生法律效力。例如，一方擅自修改了合同中的交货地点，但另一方在事后表示同意并接受了修改后的交货地点，那么这一修改就是有效的。
举证责任：
- 在产生纠纷时，主张合同更改有效的一方需承担举证责任，提供如沟通记录、电子邮件、会议纪要或其他能证明对方同意更改的证据。
三、难以确定更改情况
效力待定：
- 当双方对合同更改的事实存在争议，且无法通过现有证据明确判断时，可考虑通过司法鉴定来确定更改的时间、方式及是否存在篡改。
- 司法鉴定机构可利用笔迹鉴定、印文鉴定、文件形成时间鉴定等专业技术手段为案件审理提供专业意见。
- 法院或仲裁机构在审理案件时，除依据鉴定结果外，还会综合考虑合同的履行情况、双方的交易习惯、诚信原则等因素来判断合同更改的效力及双方的权利义务。
默认接受：
- 如一方已按照更改后的合同履行了义务，且另一方接受了履行并未提出异议，这在一定程度上可视为对更改行为的默认。例如，一方按照修改后的交货时间交付了货物，另一方接受了货物并未提出异议，那么可以视为另一方默认接受了交货时间的修改。
四、处理建议与注意事项
谨慎修改：
- 在签订合同或进行任何修改时，应保持谨慎，确保所有修改都得到对方的确认，并留下明确的证据。
及时沟通：
- 若发现合同被擅自修改，应立即与对方沟通，明确表达立场和态度，要求解释并协商解决方案。
寻求法律援助：
- 沟通无果或权益受损严重时，应向我这样的专业律师咨询，了解自己的法律权益和可能的救济途径。
保留证据：
- 在处理过程中，务必保留好相关证据，包括合同原件、修改痕迹的拍照或扫描件、与对方的沟通记录等，以便在必要时维护自己的合法权益。
总结来说，合同有更改痕迹时的有效性判断需综合考虑修改行为是否经过双方当事人的合法确认，以及是否符合相关法律法规的规定。在实际操作中，建议合同双方在修改合同时务必明确记录修改过程，并确保双方均对修改内容表示认可，以避免后续可能产生的法律纠纷。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。