结论：合同一式两份，修改了一份是否有效，需根据修改的具体情况、双方当事人的意思表示以及相关法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 双方协商一致修改：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方当事人意思表示一致的产物。如果双方当事人在合同签订后，经过协商一致对合同内容进行了修改，并且这种修改不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么修改后的合同内容是有效的。
   • 具体分析：在这种情况下，即使合同原本是一式两份，只要双方都同意修改，并在修改后的合同上签字或盖章确认，那么修改后的合同就对双方具有约束力。此时，两份合同中未修改的部分继续有效，修改的部分以新约定为准。

2. 单方擅自修改：

   • 法律背景：如果一方当事人未经对方同意，擅自修改合同内容，这种修改是无效的。因为合同是双方当事人意思表示一致的产物，单方擅自修改违背了合同的基本原则。
   • 具体分析：在这种情况下，擅自修改的一方可能构成违约或侵权，需要承担相应的法律责任。对方有权要求按照原合同内容履行，或者要求赔偿因擅自修改合同而造成的损失。

3. 修改部分与整体合同的关系：

   • 法律背景：合同的修改可能涉及部分条款的变更，也可能涉及整个合同的替换。如果修改只是针对合同中的部分条款，且这些条款的修改不影响其他条款的效力和合同的履行，那么修改是有效的。
   • 具体分析：例如，如果合同中关于交货时间的条款被修改，但其他条款如价格、质量等保持不变，且这种修改不影响合同的履行和双方当事人的权益，那么修改后的交货时间条款是有效的。然而，如果修改导致合同整体目的无法实现或合同性质发生根本变化，那么可能需要重新协商或签订新的合同。

4. 修改后的合同形式：

   • 法律背景：合同的修改通常需要以书面形式进行，并由双方当事人签字或盖章确认。这是为了确保修改的真实性和合法性。
   • 具体分析：如果修改后的合同没有以书面形式进行，或者没有双方当事人的签字或盖章确认，那么这种修改可能无法被认定为有效。因此，在修改合同时，务必确保修改内容以书面形式呈现，并由双方当事人签字或盖章确认。

建议：

• 在修改合同时，务必确保双方当事人协商一致，并以书面形式进行修改和确认。
• 如果对合同修改的有效性存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律意见和帮助。
• 在签订和修改合同时，务必仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。

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