针对您提出的问题——业主将欠公司工程款打入公司法定代表人账户，但公司称没有收到工程款该如何处理，以下是我的详细分析和建议：

一、法律关系分析

1. 合同关系：首先，需要明确的是，工程款支付应当遵循合同约定。如果合同中明确规定了工程款的支付方式和账户，那么业主应当按照合同约定进行支付。若业主擅自将款项打入公司法定代表人个人账户，可能构成违约。

2. 公司财产与个人财产分离：根据《公司法》的相关规定，公司财产与股东（包括法定代表人）个人财产应当严格分离。法定代表人个人账户收到公司工程款，可能涉及公司财产与个人财产的混同，这是不合法的。

二、处理建议

1. 与公司沟通：

   • 核实情况：首先，与公司财务部门或相关负责人沟通，核实是否确实未收到该笔工程款，以及款项是否被误打入法定代表人个人账户。
   • 要求转账：如果确认款项被误打入法定代表人个人账户，应要求法定代表人或公司尽快将款项转回公司账户，并保留相关转账记录作为证据。

2. 收集证据：

   • 合同文件：收集与业主签订的工程合同，明确合同中关于工程款支付的条款。
   • 转账记录：收集业主向法定代表人个人账户转账的记录，包括转账凭证、银行流水等。
   • 沟通记录：保存与公司、业主沟通的相关记录，如邮件、短信、微信聊天记录等，以证明您已积极采取措施解决问题。

3. 法律途径：

   • 发送律师函：如果公司拒绝配合或业主拒绝重新支付工程款，可以考虑委托律师向公司和业主发送律师函，明确要求其履行合同义务，支付工程款。
   • 提起诉讼：如果律师函未能解决问题，您可以考虑向法院提起诉讼，要求公司和业主共同承担支付工程款的责任。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明业主已支付工程款但公司未收到，以及该款项被误打入法定代表人个人账户的事实。

三、可能面临的法律后果

1. 公司责任：如果公司未能收到工程款是由于业主错误支付导致的，且公司积极采取措施要求转账但未果，公司可能不承担直接责任。但如果公司未能及时采取措施导致款项无法追回，公司可能需承担一定的管理责任。

2. 法定代表人责任：如果法定代表人个人账户收到公司工程款后未及时转回公司账户，导致公司无法收到款项，法定代表人可能需承担个人责任，包括返还款项、赔偿损失等。

3. 业主责任：如果业主明知合同约定支付方式而擅自改变支付方式，导致公司无法收到款项，业主可能需承担违约责任，包括重新支付工程款、赔偿损失等。

四、特别提醒

• 及时行动：一旦发现工程款被误打入法定代表人个人账户，应尽快采取行动，避免款项被挪用或无法追回。
• 保留证据：在整个处理过程中，务必保留好所有相关证据，以便在需要时提供证明。
• 专业咨询：由于涉及法律关系和证据收集等复杂问题，建议您在处理过程中咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保障。

希望以上分析和建议能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。