结论：部门经理擅自决定罚款是否合理不能一概而论，需结合公司规章制度、罚款依据及程序合法性综合判断。以下分情况说明：

1. 若公司规章制度明确授权部门经理罚款权，且罚款程序合法

• 合理性：若公司通过民主程序（如职工代表大会）制定了合法有效的规章制度，明确规定特定情形下部门经理有权罚款（如迟到、旷工、严重违反操作规程等），且罚款金额未超过法定标准（如《工资支付暂行规定》中月工资20%的限额），则部门经理的罚款行为可能被认定为合理。
  
• 注意点：公司需证明规章制度已向员工公示或告知，否则可能因程序瑕疵导致罚款无效。

2. 若公司规章制度未授权，或罚款依据不足

• 不合理性：根据《劳动合同法》第四条，用人单位制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如罚款）需经民主程序并公示，否则对员工不产生约束力。若部门经理仅凭个人意志罚款，或公司无相关制度依据，则属于违法行为。
  
• 法律后果：员工有权拒绝缴纳罚款，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司返还已扣款项。

3. 若罚款性质实为“克扣工资”

• 违法性：根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资，仅在法定情形（如代扣个人所得税、社保费、法院判决赔偿等）下可扣除。若部门经理以罚款名义变相克扣工资，属于违法行为。
  
• 救济途径：员工可要求公司补发工资，并可主张加付赔偿金（如《劳动合同法》第八十五条规定的50%-100%赔偿金）。

4. 特殊情形：部门经理越权处罚

• 责任划分：若公司未授权部门经理罚款，但部门经理擅自决定，员工可同时追究公司和部门经理的责任。公司可能因管理失职承担连带责任，部门经理可能因滥用职权面临内部处分或民事赔偿。

建议行动

1. 核查依据：要求公司或部门经理出示罚款的书面依据（如规章制度条款、处罚决定书等），确认是否合法有效。
   
2. 协商解决：与公司或HR沟通，明确罚款是否符合制度，要求撤销不合理处罚。
   
3. 投诉或仲裁：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁，主张返还罚款及赔偿。
   

提示：法律对用人单位罚款有严格限制，实践中多数“罚款”实为违法克扣工资。若您遇到类似情况，可进一步提供细节（如罚款原因、金额、公司制度等），我将为您具体分析。