公司规章制度中对员工设定罚款规定，这一做法的合规性需要从多个法律维度进行细致分析。以下是对此问题的全面解答：
一、罚款规定的合规性分析
法律层面：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，虽然法律要求用人单位建立和完善规章制度，但并未明确赋予用人单位对员工进行罚款的权力。
- 《中华人民共和国行政处罚法》也明确指出，罚款是行政处罚的一种，只能由具有行政权力的机关或法律授权的机构行使，公司并不具备这样的权力。
特殊情况：
- 在特定情况下，如员工因故意或重大过失给公司造成经济损失，公司可以依据《工资支付暂行规定》第十六条，要求员工进行经济赔偿。这种赔偿并非传统意义上的“罚款”，而是基于损失赔偿的合理性，并且赔偿的金额和方式都有严格规定。
二、合法管理员工的建议措施
为了确保公司运营的正常秩序并维护员工纪律，公司可以采取以下合法且有效的管理措施：
建立警告制度：
- 对于轻微违规行为，公司可以给予口头或书面警告，作为对员工行为的提醒和改正机会。
解除劳动合同：
- 对于严重违反公司规章制度或劳动合同约定的行为，公司有权依法解除劳动合同，以此作为对员工严重不当行为的制裁。
经济损失赔偿：
- 如前所述，在员工因个人原因造成公司经济损失的情况下，公司可以要求其进行合理赔偿，但应确保赔偿金额和方式的合法性。
绩效考核与激励机制：
- 通过设立合理的绩效考核体系，对表现优秀的员工给予奖励，对表现不佳的员工进行辅导和改进，以此激发员工的积极性和创造力，同时促进员工对公司规章制度的遵守。
加强培训与教育：
- 定期组织员工培训，提升员工的职业素养和技能水平，同时增强员工对公司规章制度的理解和遵守意识。
三、制定与执行规章制度的注意事项
在制定和执行规章制度时，公司应特别注意以下几点：
内容合法合理：
- 规章制度的内容必须符合法律法规的要求，不侵犯员工的合法权益。特别是罚款条款（如果涉及）应明确、合理，并避免滥用罚款权。
程序合规：
- 涉及劳动者切身利益的规章制度或重大事项，应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，确保程序的公正性和透明度。
公示与告知：
- 规章制度制定后，应向全体员工公示或告知，确保员工对其有充分的了解和认知，从而增强规章制度的执行力和有效性。
定期审查与更新：
- 随着法律法规的变化和公司实际情况的调整，公司应定期对规章制度进行审查和更新，确保其始终符合法律要求和公司发展需求。
综上所述，公司规章制度中的罚款规定在一般情况下是不合规的。公司应严格遵守相关法律法规，采取合法且合理的方式来管理员工，确保公司的稳健发展和员工的合法权益得到保障。