公司规章制度中设定罚款条款，在大多数情况下是不合法的，但存在特定例外情形。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从一般性规定来看
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或决定直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，且不得违反法律、法规的强制性规定。而《行政处罚法》明确规定，行政处罚的设定权仅属于法律、行政法规、地方性法规及国务院部门规章，公司作为市场主体，并不具备行政处罚的主体资格。因此，若公司规章制度中的罚款条款未经过法定民主程序，或直接违反《行政处罚法》关于处罚主体资格的规定，该条款将被认定为无效。

2. 从例外情形来看
   若公司规章制度中的罚款条款符合以下条件，可能被认定为合法：

• 罚款与损失挂钩：罚款金额需与劳动者因过错给公司造成的实际损失相当，且公司需承担举证责任。例如，劳动者因故意或重大过失导致公司财产损失，公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条，在劳动者工资中扣除赔偿费用，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
  
• 罚款替代性措施：若公司通过绩效考核、奖金扣减等非罚款方式实现管理目的，且符合劳动合同约定及规章制度规定，可能被认定为合法。例如，将迟到、早退等行为与绩效奖金挂钩，而非直接罚款。

1. 从司法实践来看
   法院在审理此类案件时，会重点审查罚款条款的合法性、合理性及程序正当性。若公司无法证明罚款条款经过民主程序、罚款金额与损失相当，或存在滥用罚款权的情况，法院将倾向于认定罚款条款无效，并要求公司返还已扣除的罚款。

建议：

• 若你作为劳动者，遇到公司以规章制度为由罚款，可要求公司出示罚款依据及民主程序证明，若公司无法提供，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  
• 若你作为公司管理者，需修订规章制度时，建议通过绩效考核、奖金调整等合法方式替代罚款，或确保罚款条款符合《工资支付暂行规定》的限额要求，并保留民主程序及损失举证的证据。
  

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