关于公司设定制度罚款是否合理的问题，这需要从多个角度进行详细分析。
一、法律层面的考量
在我国，公司作为民事主体，通常并不具备法定的罚款权。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，罚款这一行政处罚权力主要由行政机关等特定主体行使。因此，公司随意对员工进行罚款，很可能构成对劳动者合法权益的侵害。
然而，也存在特殊情况。如果公司制定了合法有效的规章制度，并且这些规章制度明确规定了罚款的情形及标准，同时这些规定并不违反法律法规的强制性规定，那么在一定条件下，公司要求员工因故意或重大过失给公司造成损失时承担赔偿责任的“罚款”性质行为，可能会得到法律的支持。但这里需要明确的是，这种赔偿并非传统意义上的罚款，而是基于民事赔偿责任。
二、劳动法规的解读
劳动法律法规的核心目的是保护劳动者的合法权益，确保劳动者能够获取足额的劳动报酬。公司擅自罚款扣工资，除非符合法定代扣情形，否则均属违法。此外，公司依据规章制度进行罚款时，该规章制度必须满足两个条件：一是经过民主程序制定，如职工代表大会或全体职工讨论确定；二是向劳动者公示，确保员工知晓并理解相关规定。如果规章制度未满足这些条件，那么其罚款规定可能是无效的。
三、实践中的处理建议
协商解决：面对不合理的罚款，员工应首先尝试与公司进行沟通协商，说明情况并要求纠正不合理的罚款行为。友好协商往往是解决问题的有效途径，可以避免不必要的法律纠纷。
法律途径维权：如果协商无果，员工可以采取法律途径来维护自己的合法权益。例如，向当地劳动监察部门投诉，请求查处公司的违法行为；或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司返还不合理的罚款，并可能获得经济补偿。在仲裁过程中，员工需要提供充分的证据来支持自己的主张，如劳动合同、工资条、考勤记录及罚款通知等。
四、合理替代措施
为了避免不必要的法律纠纷和员工关系紧张，公司可以考虑采取一些合理替代措施来处理员工的违规行为。例如，制定完善、合理且经过民主程序制定并向员工公示的规章制度，明确员工的行为规范和违规处理措施（如警告、记过、降职、辞退等）；将员工的工作表现和对公司的贡献与绩效奖金挂钩，通过公平、明确的考核指标来衡量员工的工作成果；加强内部沟通机制，确保员工的诉求得到及时、合理的解决。
总结：公司设定制度罚款的合法性需基于法律、合同及合理合法的程序。在一般情况下，公司并不具备罚款的权力。为了维护公司的正常秩序和员工的合法权益，公司应采取合法、合理的替代措施来处理员工的违规行为，并加强员工权益保护工作。员工在面对不合理罚款时，也应了解自身权益并采取适当的应对措施以维护自身合法权益。