针对您提出的“股份合作制的集体企业上级主管部门注销了怎么办”这一问题，我会从法律主体变化、管理和决策机制调整、以及债务和资产处理三个方面，为您详细解答。

首先，关于法律主体的变化。上级主管部门的注销，意味着其法律主体资格的丧失。对于股份合作制的集体企业而言，这可能需要在法律上重新确定其归属和管理主体。这一过程可能涉及到相关法律程序的启动，比如变更登记等，以确保集体企业的合法存续和运营。您需要咨询专业的法律机构或律师，了解具体的法律程序和要求，确保企业能够平稳过渡。

其次，管理和决策机制的调整。上级主管部门的注销，很可能导致集体企业原有的管理和决策机制发生改变。在这种情况下，集体企业需要重新建立或调整内部管理架构，明确决策权限和程序。这包括但不限于重新选举或任命企业管理层，制定或修订企业章程和管理制度等。通过这些措施，可以保障企业的正常运转，避免因管理混乱而导致的运营风险。

最后，关于债务和资产的处理。上级主管部门的注销，可能会对集体企业的债务和资产产生影响。因此，集体企业需要对其债务进行清理和确认，确保债务的清偿责任和方式明确。同时，对资产进行清查和评估，合理处置资产，以保障企业和相关方的利益。如果存在债务纠纷或资产处置难题，建议及时咨询专业的财务或法律机构，寻求专业的解决方案。

总的来说，面对上级主管部门注销的情况，股份合作制的集体企业需要从法律主体、管理和决策机制、以及债务和资产处理三个方面进行全面考虑和应对。通过咨询专业机构、制定应对策略、并积极执行相关措施，可以确保企业能够平稳度过这一特殊时期，并继续保持稳定运营。希望这些建议能够对您有所帮助。