针对您提出的“民办非企业注销上级单位怎么办”的问题，这实际上涉及到了民办非企业单位注销的整个流程，其中与上级单位（即业务主管单位）的沟通和协作是关键环节。以下是一个详细且深入的解答：
一、前期准备与决策
形成注销决议：
- 首先，您需要依据民办非企业单位的章程，通过理事会或常务理事会的会议，形成注销决议，并确保决议内容以书面形式记录下来。这是启动注销程序的第一步，也是与上级单位沟通的基础。
报告注销申请：
- 在形成注销决议后，应立即向业务主管单位（即您所指的“上级单位”）报告注销申请，说明注销的原因、依据及后续计划。这一步骤是为了获取上级单位的初步意见和支持。
二、组建清算组并开展清算工作
组建清算组：
- 在业务主管单位的指导和监督下，成立清算组。清算组应包含法定代表人、理事、监事及相关利益代表，以确保清算工作的公正性和专业性。
开展清算工作：
- 清算组需全面清理单位的财产和债权债务，包括财产清查、编制资产负债表和财产清单、处理未了业务、税务清算以及债权债务清理等。这一过程中，应定期与业务主管单位沟通，确保清算工作的合规性和透明度。
三、提交清算报告并申请注销登记
制定清算报告：
- 清算结束后，清算组应制作详细的清算报告，包括清算工作的基本情况、资产负债情况、收支情况及剩余财产分配等。清算报告需经会计师事务所审计，并由清算组全体成员签字确认。
向业务主管单位提交审查：
- 将清算报告及相关材料提交给业务主管单位进行审查。业务主管单位将对提交的材料进行仔细审核，并出具审查意见。这是获取注销登记许可的重要步骤。
向登记管理机关提交注销申请：
- 在业务主管单位审查同意后，向登记管理机关（一般为民政部门）提交完整的注销文件，包括注销登记申请书、业务主管单位的审查文件和清算报告书等。这一步骤是正式申请注销登记的关键。
四、登记管理机关的审查与核准及后续事项处理
登记管理机关的审查与核准：
- 登记管理机关将对提交的申请材料进行全面审核，确保材料的完整性和合规性。如符合注销条件，将予以核准注销，并通过公开媒介发布注销公告。
后续事项处理：
- 完成注销登记后，还需办理税务注销备案、银行账户注销等手续。这些手续的办理过程中，可能仍需与业务主管单位或相关管理部门进行沟通和协作。
五、与上级单位（业务主管单位）的持续沟通
- 在整个注销过程中，与上级单位的持续沟通至关重要。您应定期向上级单位汇报注销进展情况，及时获取指导和支持。同时，对于上级单位提出的意见和建议，应认真对待并积极落实。
六、注意事项
- 各地对于民办非企业单位注销的具体规定和操作流程可能会有所差异。因此，在办理注销手续前，建议您详细咨询当地的民政部门及相关管理机构，以确保注销过程的合法性和规范性。
- 整个注销过程中，务必遵守相关法律法规，确保财务清算和税务注销等工作的合法性。如有需要，可寻求专业律师或会计师的协助。
综上所述，民办非企业单位的注销是一个复杂且严谨的过程，涉及多个环节和法律要求。与上级单位（业务主管单位）的沟通和协作是确保注销过程顺利进行的关键。希望以上解答能对您有所帮助。