当股东主体注销时，其持有的股权处理方式是一个涉及公司法、合同法以及相关税务规定的复杂问题。以下是我为您详细梳理的处理步骤和注意事项：
一、处理步骤
查看公司章程：
- 首先，应查阅公司章程，看其中是否有关于股东退出或股权处理的特别规定。如果章程中有明确规定，需按照章程执行。
召开股东会：
- 若章程无相关规定，或规定不具体，应召开股东会进行表决。通常，需要经三分之二以上有表决权的股东通过，形成同意该股东注销股权的股东会决议。
股权转让：
- 对内转让：股东可以选择将股权转让给公司内的其他股东。
- 对外转让：若选择对外转让，需其他股东过半数同意，且其他股东在同等条件下有优先购买权。转让需遵循相关法律法规和目标公司章程规定，签订股权转让协议。
清算分配：
- 如果股东公司注销前未进行股权转让，且公司进入清算程序，那么在清偿债务后，若有剩余财产，这部分股权作为剩余财产，可按照股东的出资比例或公司章程约定进行分配给其股东。
法定承受：
- 如股东公司因合并、分立等原因注销，其持有的股权可能由合并后存续的公司或新设的公司、分立后的公司承继。
办理工商变更登记：
- 完成股权转让或清算分配后，需向公司登记机关申请办理股权变更登记手续，提交相关文件，包括股东会决议、股权转让协议等。经登记机关审核通过后，完成股权注销及变更登记。
二、注意事项
税务申报：
- 完成股权变更后，应及时到税务部门办理相关税务申报，缴纳印花税等税费。
法律合规：
- 整个过程需严格遵循法律法规和公司章程规定，确保变更合法有效。避免因操作不当而引发的法律纠纷。
无人继承情况：
- 若股东公司注销后无合法承继主体，且股权无明确处理安排，可能会引发复杂法律问题。股权可能会被视为无主财产，由相关部门依法处理。因此，在股东公司注销前，应尽可能明确股权的处理方式。
专业咨询：
- 由于股权处理涉及法律、税务等多个领域，建议在进行股权处理前咨询专业律师或税务师，以确保处理过程的合法性和合规性。
综上所述，当股东主体注销时，其持有的股权可以通过清算分配、转让股权、法定承受等方式进行处理。在处理过程中，应严格遵循法律法规和公司章程规定，确保变更合法有效，并及时办理税务申报和工商变更登记手续。