当法人股东注销后，其持有的股权处理是一个需要细致考虑并遵循相关法律法规的过程。以下是对这一问题的详细解答：
一、首要原则：依据公司章程
首先，我们需要查看公司章程中是否有关于法人股东注销后股权归属和处置方式的明确约定。如果公司章程有相关规定，那么应严格按照章程来执行，这是处理此类问题的首要原则。
二、清算分配
正常清算：
- 如果法人股东是经过合法清算程序注销的，那么其持有的股权将作为资产纳入清算范围。
- 在清算过程中，首先会用于清偿债务。清偿完所有债务后，剩余的财产将按照法定顺序分配给法人股东的出资人或股东。
清算瑕疵：
- 如果清算过程中存在瑕疵，比如未按照法定程序进行清算或清算不彻底等，相关利害关系人（如债权人、其他股东等）有权依法要求对已注销法人股东的资产（包括股权）进行重新清理和分配。
三、股权转让
内部转让：
- 如果其他股东愿意受让注销股东的股权，可以按照公司章程规定的程序进行内部转让。
- 转让完成后，需要办理股权变更登记手续，以确保股权的合法转移。
外部转让：
- 如果没有股东愿意受让注销股东的股权，可以考虑对外转让。
- 对外转让时，需要遵守公司法的规定，通知其他股东并保障其优先购买权。其他股东在同等条件下享有优先购买权。
注销后转让追认：
- 如果在注销前未明确处置股权，但注销后相关主体（如法人股东的出资人或股东）认为股权有价值，可以与公司及股东协商合理转让。
- 在这种情况下，需要提供充分证据证明处分权，并按照规范流程办理手续。
四、继承
- 如果法人股东因合并、分立等原因注销，其权利和义务（包括股权）将由合并、分立后的法人继承。
- 在这种情况下，股权将相应由新法人承继，无需进行额外的清算或转让程序。
五、特殊情况处理
股东人数低于法定最低数：
- 如果因法人股东注销导致公司股东人数低于法定要求（如有限责任公司股东人数少于两人），公司应进行变更登记或启动清算程序。
违法违规行为：
- 如果注销过程中存在违法或违规行为（如未依法清算、逃避债务等），股权处理可能引发争议。
- 在这种情况下，需要通过法律途径解决争议，并可能面临法律责任。
六、后续手续与文件保留
及时办理手续：
- 在整个处理过程中，应及时办理股权变更登记等相关手续，以维护公司和其他股东的合法权益。
文件保留：
- 相关各方应妥善保留文件和资料（如清算报告、股权转让协议、变更登记证明等），以备日后查询和证明之用。
总结与建议：
法人股东注销后股权的处理方式需综合考虑多方面因素，包括公司章程、清算程序、股权转让、继承以及特殊情况处理等。在实际操作中，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和指导，以确保处理过程的合法性和合规性，同时保障公司和其他股东的合法权益。