当公司股东中的法人股东注销时，确实会带来一系列需要妥善处理的问题。以下是根据相关法律法规和公司运营实践，为您提供的详细解答和建议：
一、股权归属与继承问题
明确股权归属：
- 首先，需核实法人股东在注销前是否已对其持有的公司股权进行了合法处置（如转让、赠与等）。若已处置，则按照相关协议或法律文件执行。
- 若法人股东注销前未对其股权进行处置，则需根据具体情况来确定股权的归属。这可能涉及破产清算等程序，以明确股权的后续处理方式。
继承或承受：
- 若法人股东的股权属于可继承财产，并且公司章程中没有禁止性规定，那么其继承人可以依法继承股东资格。这一过程需遵循遗产继承和股权转让的相关法律法规。
- 若股权不可继承或公司章程有特别规定，则需按照公司章程或相关法律法规进行股权的重新分配或处理。
二、公司治理结构变化
- 法人股东注销后，其委派的代表将失去在公司中的授权和职位。公司应及时调整决策和管理机制，以确保治理结构的稳定性和有效性。这可能包括重新选举或任命新的董事、监事等。
三、出资义务问题
- 若法人股东在注销前未完全履行其出资义务，公司有权要求其补足出资。若法人股东已注销，公司可以向其清算义务人主张权利，要求其承担出资责任。
四、处理措施与流程
核实注销情况：
- 公司应查询工商登记档案，获取法人股东的注销文件，并核实注销的原因和程序的合法性。
确定股权处理方式：
- 根据法人股东注销前的股权处置情况和公司章程规定，确定股权的处理方式。这可能包括股权转让、继承或承受、清算处理等方式。
修改公司章程：
- 根据股权的变更情况，及时修改公司章程中关于股东信息、股权结构等内容，并按照相关规定进行备案。
办理工商变更登记：
- 完成股权处理和公司章程修改后，公司应及时向工商行政管理部门办理股东变更登记手续，以确保公司登记信息的准确性和合法性。
五、法律依据与注意事项
- 法律依据：处理法人股东注销相关问题时，公司应严格遵守《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国公司登记管理条例》等法律法规的要求。
- 注意事项：在整个处理过程中，公司应确保所有手续的合法合规性，避免法律纠纷。同时，应充分考虑其他股东的权益和公司整体利益，确保公司的稳定运营。
综上所述，处理公司股东中法人股东注销后的股权和权益问题是一项复杂而细致的工作。公司应根据具体情况采取合适的措施，并咨询专业律师的意见以确保处理的合法性和有效性。