当企业主体注销时，员工权益的处理是一个重要且复杂的问题。以下是对此问题的详细解答：
一、企业注销与员工劳动关系的基本原则
首先，需要明确的是，企业注销并不意味着其与员工之间的劳动关系自动终止或无效。根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》等相关规定，只要员工与企业之间存在事实劳动关系（即员工接受企业管理、从事企业安排的有报酬劳动，且该劳动是企业业务的组成部分），那么这种劳动关系就受到法律保护。
二、企业注销后员工权益的保障
工资支付：
- 企业注销前，应当确保员工的工资得到足额支付。如果企业注销时仍有欠发工资，根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，企业（或其清算组、责任人）有义务支付这些欠发工资。
经济补偿：
- 如果企业因客观情况发生重大变化（如经营不善、场地租赁合同到期等）导致劳动合同无法履行，且未与员工达成协议，那么根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，企业应当向员工支付经济补偿。
- 经济补偿的计算通常基于员工在企业的工作年限和月工资标准。
未签订书面劳动合同的双倍工资差额：
- 如果企业自用工之日起超过一个月不满一年未与员工订立书面劳动合同，那么根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条，企业应当向员工支付双倍的工资差额。
三、企业注销后责任承担主体的确定
个体工商户：
- 对于个体工商户，如果其注销后欠付员工工资、未签订书面劳动合同的双倍工资差额、经济补偿金等，应当由经营者承担责任。这是因为个体工商户的债务，个人经营的，以个人财产承担；家庭经营的，以家庭财产承担。
公司：
- 对于公司而言，如果其注销后仍有未了结的劳动债务，清算组成员（如股东、董事等）可能承担相应赔偿责任。特别是当清算组成员未按照法律规定履行通知和公告义务，导致债权人未及时申报债权而未获清偿时，债权人可以主张清算组成员对因此造成的损失承担赔偿责任。
- 此外，如果有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人在公司解散后恶意处置公司财产给债权人造成损失，或者未经依法清算以虚假的清算报告骗取公司登记机关办理法人注销登记，债权人也可以主张其对公司债务承担相应赔偿责任。
四、实际操作建议
员工应保留证据：
- 员工应保留与企业的劳动合同、工资单、工作证等能够证明劳动关系的证据。
及时申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果企业注销后未支付员工应得的权益，员工应及时向劳动仲裁委申请劳动仲裁或向法院提起诉讼。
关注清算程序：
- 如果企业正在进行清算程序，员工应关注清算组的通知和公告，确保自己的债权得到及时申报和清偿。
综上所述，企业主体注销时，员工的权益应得到充分保障。无论是工资支付、经济补偿还是未签订书面劳动合同的双倍工资差额等问题，都应根据相关法律法规进行妥善处理。同时，员工也应积极维护自己的合法权益，通过法律途径寻求救济。