针对您提出的“国有企业员工开办企业已注销，单位应如何处理”的问题，这主要涉及到企业注销后的法律后果以及单位（在此情境下，可理解为原国有企业或相关管理机构）应采取的相应措施。以下是我为您提供的详细解答：
一、企业注销的法律后果
企业注销是工商登记机关依申请作出的行政许可行为，它标志着企业法人资格的终止。一旦企业完成注销登记，其法人资格即不复存在，无法再以自己的名义从事任何法律活动，包括签订合同、承担债务等。同时，企业的民事主体资格也自注销时起终止。
二、单位应如何处理
确认注销情况：
- 单位首先需要确认该员工开办的企业是否已经正式完成注销登记。这可以通过查询国家企业信用信息公示系统或相关工商登记机关来获取准确信息。
评估影响：
- 如果该员工开办的企业与原国有企业存在业务往来、合同关系或债务纠纷等，单位需要评估企业注销对这些关系的影响。例如，如果存在未了结的债务，单位可能需要考虑如何追讨或承担相应责任。
内部处理：
- 对于原国有企业内部而言，如果该员工在开办企业期间存在违反单位规章制度或法律法规的行为，单位应依据相关规定进行处理。例如，如果员工利用单位资源或职务便利开办企业，可能涉及违纪或违法行为，单位应依法依规进行追责。
- 同时，单位也可以考虑对该员工进行内部教育或培训，以防止类似情况再次发生。
法律合规：
- 单位应确保自身在处理此事过程中遵守相关法律法规和规章制度。例如，在追讨债务或处理违纪行为时，应依法进行，避免侵犯员工合法权益或引发法律纠纷。
关注后续动态：
- 即使企业已经注销，单位仍应关注其后续动态，如是否存在遗留问题或潜在风险。例如，如果注销企业存在未了结的诉讼或仲裁案件，单位可能需要作为利害关系人参与相关程序。
三、特殊情况处理
- 如果该员工开办的企业在注销前存在未清偿的债务或未了结的劳动争议等，且这些债务或争议与原国有企业有关联（如员工利用单位资源开办企业并产生债务），单位可能需要与债权人或劳动者协商解决，或依法承担相应责任。
- 在某些情况下，如果注销企业的清算义务人（如股东、董事等）怠于行使清算职责导致损失扩大，单位（如果作为相关方）也可能需要承担一定的连带责任。但这种情况较为复杂，需根据具体法律法规和案件事实进行判断。
四、建议与预防措施
- 加强内部管理：单位应加强对员工开办企业的管理，明确相关规定和程序，防止员工利用单位资源或职务便利开办企业。
- 完善规章制度：单位应完善相关规章制度，明确员工在开办企业过程中的权利和义务，以及违反规定的处理措施。
- 加强法律培训：单位可以定期组织法律培训活动，提高员工的法律意识和合规意识，减少违法违规行为的发生。
综上所述，国有企业员工开办企业已注销后，单位应首先确认注销情况，评估影响，然后依据相关法律法规和规章制度进行内部处理，并关注后续动态。同时，单位也应加强内部管理、完善规章制度和加强法律培训等措施来预防类似情况的发生。