若富士康已通过合法程序通知员工办理离职手续，员工未按时办理可能产生以下法律后果：

1. 视为自动离职，影响劳动关系解除的合法性
   根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日（试用期三日）书面通知用人单位可解除劳动合同。若富士康已通过短信（需结合其他证据如书面通知、邮件等）履行通知义务，员工无正当理由拒不办理离职手续，可能被认定为“自动离职”。此时，劳动关系虽解除，但程序瑕疵可能导致：

   • 员工无法主张经济补偿金（如因个人原因离职）；
     
   • 用人单位可能以“严重违反规章制度”为由解除合同，且无需支付赔偿金（需规章制度明确规定“拒不办理离职手续”属于严重违纪）。
     

2. 工资及福利结算风险
   根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系解除时，用人单位应一次性付清工资。若员工未办理离职手续，富士康可能以“未完成工作交接”为由暂扣工资或部分福利（如年终奖、未休年假补偿）。但需注意：

   • 若规章制度未明确规定“未交接可扣工资”，富士康的行为可能违法；
     
   • 员工可通过劳动仲裁主张工资，但需承担“未交接”对用人单位造成损失的举证责任。
     

3. 社保及档案转移延误
   根据《劳动合同法》第五十条，用人单位应在解除合同后十五日内办理档案和社会保险关系转移手续。若员工未配合办理离职，富士康可能以“员工未提供接收信息”为由延迟办理，导致员工社保断缴、影响新单位入职等后果。但需注意：

   • 富士康仍需在法定期限内主动履行义务，否则可能承担行政责任（如社保部门处罚）；
     
   • 员工可要求富士康出具解除劳动合同证明，若拒不出具，可向劳动监察部门投诉。
     

4. 潜在法律纠纷风险
   若员工未办理离职手续导致富士康损失（如项目延误、客户流失），富士康可能依据《劳动合同法》第九十条要求员工赔偿。但需满足：

   • 富士康能证明损失与员工行为存在直接因果关系；
     
   • 损失金额需合理且经员工确认或第三方评估。
     

建议行动：

• 若员工希望顺利离职，应主动联系富士康HR确认离职流程，完成工作交接、物品归还等手续，避免程序瑕疵；
  
• 若对离职通知合法性存疑（如未收到书面通知、短信内容不明确），可要求富士康出具加盖公章的书面解除通知，并保留证据；
  
• 若已产生纠纷（如工资扣发、社保未转），可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
  

结论：未办理离职手续可能导致劳动关系解除程序瑕疵、工资结算争议、社保转移延误及潜在赔偿风险，建议员工积极配合以降低法律风险。如有具体争议，可进一步提供细节，我将结合证据分析责任归属。