结论前置：商业承兑汇票（您提到的“商业承兑发票”可能指此）超过票据追索权时效后，仍可能通过基础合同关系主张未付款责任，但需结合票据关系与合同关系的法律逻辑分情况处理。以下是具体分析：

1. 票据追索权时效与合同债权时效的独立性

• 票据追索权时效：根据《票据法》第17条，持票人对前手的追索权，自被拒绝承兑或付款之日起6个月内行使；对出票人、承兑人的追索权，自票据到期日起2年内行使。若超过此时效，票据债务人可主张时效抗辩，拒绝付款。
• 合同债权时效：若票据系基于买卖、服务等基础合同（如销售合同）签发，合同付款请求权的诉讼时效为3年（自知道或应当知道权利受损之日起算，如约定付款日届满后）。票据追索权时效届满，不直接导致合同债权消灭，两者为独立法律关系。

2. 超过票据追索权时效后的救济路径

• 路径一：直接主张合同债权
  若持票人能证明票据系为支付合同价款而签发（如合同中明确约定“以商业承兑汇票结算”），且合同未履行完毕（如未收到货款），可绕过票据关系，直接依据《民法典》合同编起诉债务人履行付款义务。此时需提供：
  • 基础合同（如买卖合同）；
  • 票据交付记录（证明票据与合同的关联性）；
  • 债务人未履行合同付款义务的证据（如对账函、催款记录）。
• 路径二：票据关系与合同关系的衔接
  若票据被拒付后未及时行使追索权，但债务人未以“票据已过时效”为由抗辩合同债权，持票人仍可主张合同权利。但需注意：若债务人明确主张“票据拒付后已通过票据关系解决，合同债权已消灭”，则可能面临争议，需结合具体交易模式（如是否约定“票据付款视为合同履行”）判断。

3. 实务风险与建议

• 风险点：
  
  • 债务人可能主张“票据付款是合同唯一结算方式，票据失效即合同权利消灭”；
  • 若合同未明确约定票据与合同的关系，持票人需承担更多举证责任。
• 建议：
  
  • 立即整理基础合同、票据交付记录、催款证据，尽快起诉（未超合同诉讼时效）；
  • 若票据系通过背书转让取得，需核查前手是否已履行付款义务，避免被反诉“不当得利”；
  • 同步向债务人发送《律师函》，固定其未付款的事实，中断诉讼时效。

总结：票据追索权时效届满不必然导致合同债权丧失，但需通过基础合同关系主张权利。建议尽快委托律师梳理证据链，制定诉讼策略。如有进一步问题，可直接向我咨询具体案件细节。