工厂直接发放工资是合法的，但关于是否存在差价，需结合具体情况判断。以下从几个方面详细分析：

一、工厂直接发放工资的合法性

1. 支付形式合法：根据法律规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。工厂直接以货币形式发放工资，符合这一要求，因此是合法的。

2. 支付数额合法：工厂支付的工资不得低于当地最低工资标准，并且要按照劳动合同约定的数额支付。如果工厂支付的工资符合这一标准，且没有随意克扣或无故拖欠，那么就是合法的。

3. 支付时间合法：工资需在约定日期支付，如遇节假日或休息日，应提前在最近的工作日支付。工厂如果按照约定时间支付工资，也是合法的。

二、关于工资差价的问题

1. 合同约定与实际支付：如果劳动合同中明确约定了工资数额，而工厂实际支付的工资低于这一数额，那么就存在差价问题。这种情况下，工厂的行为是不合法的，劳动者有权要求工厂补足差额。

2. 最低工资标准：即使劳动合同中没有明确约定工资数额，工厂支付的工资也不得低于当地最低工资标准。如果低于这一标准，同样存在差价问题，工厂需要补足差额。

3. 加班工资：如果劳动者存在加班情况，工厂应按照法律规定支付相应的加班工资。如果未支付或支付不足，也相当于存在差价问题，工厂需要补足加班工资的差额。

三、劳动者如何维护自身权益

1. 与工厂协商：如果发现工资存在差价问题，劳动者首先可以与工厂进行协商，要求工厂说明情况并补足差额。

2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉。投诉时，需要准备好劳动合同、工资条、考勤记录等能证明劳动关系和工资标准的材料。劳动监察部门会进行调查，如果情况属实，会责令工厂补发工资。

3. 申请劳动仲裁：劳动者还可以向劳动仲裁机构申请仲裁，要求工厂补足工资差额，并按规定支付经济补偿。经济补偿一般按劳动者在本单位工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

4. 提起诉讼：如果对仲裁结果不满意，劳动者还可以在规定时间内向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自身权益。

总结与建议：工厂直接发放工资本身是合法的，但关键在于工资支付的形式、数额和时间是否符合法律规定。如果存在差价问题，劳动者应通过合法途径维护自身权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。