在未竣工的建筑物内设置宿舍，相关行政主管部门可以直接进行处罚。具体分析如下：

一、法律依据

根据《建设工程安全生产管理条例》第六十四条的规定，施工单位在尚未竣工的建筑物内设置员工集体宿舍的，属于违法行为。对于此类行为，相关行政主管部门有权责令限期改正；逾期未改正的，可以责令停业整顿，并处5万元以上10万元以下的罚款；若造成重大安全事故，构成犯罪的，对直接责任人员，还将依照刑法有关规定追究刑事责任。

二、处罚流程

1. 初步调查与立案：行政主管部门在发现违法行为或接到举报后，会进行初步调查，并收集相关证据。若证据充分，会决定立案。
2. 审查与告知：立案后，行政主管部门会对违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度等方面进行审查，并提出处理意见。在作出处理决定前，会制作相关法律文书，书面告知当事人违法事实及其享有的陈述、申辩等权利。
3. 决策与决定：行政主管部门会根据审理情况决定是否予以行政处罚。若依法需要给予行政处罚的，会制作《行政处罚决定书》，载明违法事实和证据、处罚依据和内容、申请行政复议或提起行政诉讼的途径和期限等内容。
4. 送达与执行：行政主管部门会在规定期限内将相关法律文书送达当事人，并监督当事人在决定的期限内履行生效的处罚决定。

三、实际案例与后果

在实际操作中，已有多个案例显示，施工单位因在未竣工的建筑物内设置员工集体宿舍而受到行政处罚。这些处罚不仅包括了罚款，还包括了停业整顿等更严厉的措施。若因此造成重大安全事故，相关责任人员还将面临刑事责任的追究。

四、建议与注意事项

1. 遵守法规：施工单位应严格遵守《建设工程安全生产管理条例》等相关法规，避免在未竣工的建筑物内设置员工集体宿舍。
2. 加强安全管理：施工单位应加强施工现场的安全管理，确保施工人员的生命安全和身体健康。
3. 及时整改：若已存在违法行为，施工单位应及时整改，并主动配合行政主管部门的调查和处理工作。

作为专注于遗产继承、房产纠纷领域的专业律师，我建议施工单位在施工过程中务必遵守相关法律法规，确保施工安全和人员安全。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。