针对您提出的“确认劳动关系被驳回后，工伤认定程序该怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，即使确认劳动关系的申请被驳回，您仍然有权进行工伤认定。因为根据《工伤保险条例》的相关规定，受伤职工在发生事故伤害之日起1年内，可以以个人名义向区县社会保险行政部门申请认定为工伤。申请时，您需要提交工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料（尽管当前劳动关系可能存在争议，但此材料在申请时仍为必要，后续可通过法律途径解决劳动关系问题）和医疗诊断证明。

针对您当前的情况，即确认劳动关系被驳回，我建议您采取以下步骤：

1. 准备并提交工伤认定申请：

   • 填写工伤认定申请表，确保所有必填项都已完整填写。
   • 准备并提交与用人单位存在劳动关系的证明材料（尽管当前可能存在争议，但此材料在申请时仍为必要）。
   • 提交医疗诊断证明，证明您的伤情。

2. 关注工伤认定部门的反馈：

   • 如果工伤认定部门以您与用人单位不存在劳动关系为由不予受理，您需要了解该决定的具体依据。
   • 根据《工伤保险条例》第五十五条第(一)项规定，您对工伤认定申请不予受理的决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院提起行政诉讼。

3. 申请行政复议或提起行政诉讼：

   • 如果您选择申请行政复议，可以根据现行《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，向区人民政府或市人力资源和社会保障局申请行政复议。明年1月1日起，新修订的《中华人民共和国行政复议法》将实施，届时您可以根据新法的相关规定进行申请。
   • 如果您选择提起行政诉讼，可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求法院撤销工伤认定部门的不予受理决定，并责令其重新作出决定。

4. 解决劳动关系争议：

   • 在进行工伤认定的同时，您也可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径解决与用人单位之间的劳动关系争议。
   • 如果劳动仲裁或诉讼结果支持您与用人单位存在劳动关系，这将为您后续的工伤认定提供有力支持。

5. 关注工伤认定进度：

   • 在提交工伤认定申请后，您可以定期联系工伤认定部门查询办理进度。
   • 如果需要补充材料或进行其他操作，请及时按照要求完成。

总之，即使确认劳动关系的申请被驳回，您仍然有权进行工伤认定。在申请过程中，请确保提交完整的申请材料，并关注工伤认定部门的反馈。如果对不予受理的决定不服，您可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。同时，也不要忽视解决与用人单位之间的劳动关系争议。希望这些建议能对您有所帮助。