针对您提出的“员工被动注销怎么处理”的问题，这通常涉及到公司或个体工商户在注销过程中，对员工权益的影响及后续处理方式。我将结合相关法律法规和实际案例，为您详细解答。

一、公司恶意注销的情况处理

在行政处罚案件办理中，若公司负责人或股东故意隐瞒被采取行政强制措施、被行政处罚的事实，虚假申请简易注销，导致公司主体身份消失，这会给市场监管部门的执法办案工作带来问题。针对此类情况：

1. 撤销注销登记：根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例实施细则》的相关规定，市场主体正在被采取行政强制措施或受到行政处罚尚未执行完毕的，不得申请办理简易注销登记。若公司已恶意注销，市场监管部门可通过执法监督程序，要求撤销该企业的注销登记，恢复其主体身份。

2. 继续调查与处罚：公司身份恢复后，市场监管部门可继续对其违法行为开展调查，并依法作出行政处罚决定。

二、个体工商户注销后的责任承担

对于个体工商户注销后对劳动者责任承担的问题，根据《中华人民共和国民法典》和《中华人民共和国劳动法》的相关规定：

1. 劳动关系确认：若劳动者与个体工商户存在事实劳动关系，且个体工商户注销，劳动者仍有权要求确认劳动关系，并主张相关权益。

2. 责任承担主体：个体工商户的债务，个人经营的，以个人财产承担；家庭经营的，以家庭财产承担。因此，若个体工商户注销，其经营者应承担对劳动者的相关责任，包括支付欠发工资、未签订书面劳动合同的二倍工资差额以及经济补偿等。

三、具体处理建议

1. 对于公司恶意注销：

   • 及时向市场监管部门举报，要求撤销注销登记。
   • 保留相关证据，如行政强制措施决定书、行政处罚决定书等，以证明公司存在违法行为。
   • 配合市场监管部门的调查，提供必要的信息和协助。

2. 对于个体工商户注销后的劳动者权益保护：

   • 劳动者应保留与个体工商户存在劳动关系的证据，如工作证、工资条、考勤记录等。
   • 向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认劳动关系并主张相关权益。
   • 若仲裁裁决不服，可向法院提起诉讼，要求经营者承担责任。

综上所述，员工被动注销的处理方式取决于注销主体的性质（公司或个体工商户）以及注销过程中的具体情况。在处理过程中，应依法维护员工的合法权益，确保相关责任得到妥善承担。