当分公司被注销时，其员工的处理方式主要取决于分公司的注销情况以及总公司的状态。以下是一些详细且具有深度的建议，希望能帮助到您：
一、分公司注销但总公司仍存在的情况
劳动关系转移：
- 分公司注销后，若总公司仍然存在，员工的劳动关系通常会自动转移至总公司。这意味着员工将继续在总公司工作，原有的劳动合同、工资待遇、工作年限等通常保持不变。
权益保障：
- 员工应确保与总公司重新确认或签订劳动合同，以明确双方的权利和义务。
- 若分公司注销前存在未支付的工资、奖金、提成或未缴纳的社会保险等，员工有权向总公司追讨。总公司作为分公司的法人机构，应承担相应的法律责任。
二、分公司及总公司均被注销的情况
寻找责任主体：
- 若分公司和总公司均被注销，员工需要寻找其他责任主体来维护自己的权益。根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第六十四条规定，企业法人解散的，依法清算并注销前，以该企业法人为当事人；未依法清算即被注销的，以该企业法人的股东、发起人或者出资人为当事人。
- 因此，员工可以以被注销公司的股东、发起人或者出资人为被申请人或被告，通过法律途径追讨应得的劳动报酬、工伤赔付等。
法律程序：
- 员工应首先收集相关证据，如工资条、加班记录、劳动合同、工作证等，以证明自己与公司的劳动关系及应得的权益。
- 接着，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求责任主体支付未支付的工资、奖金、提成或赔偿工伤等损失。
- 若对仲裁结果不满，员工还可以向法院提起诉讼，通过司法程序来维护自己的权益。
三、注意事项与建议
提升证据意识：
- 员工在日常工作中应提升证据意识，及时留存并保管好与自身利益相关的各种凭证和证据。这有助于在发生争议时提供有力的支持。
理性维权：
- 在维权过程中，员工应保持理性，避免采取过激行为。通过合法途径来维护自己的权益是更为有效和安全的方式。
寻求专业帮助：
- 若员工对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师或法律援助机构的帮助。他们可以提供专业的法律建议和指导，帮助员工更好地维护自己的权益。
综上所述，当分公司被注销时，员工应根据具体情况采取相应的措施来维护自己的权益。无论是劳动关系转移、寻找责任主体还是通过法律程序维权，都需要员工保持冷静、理性并积极行动。希望这些建议能对您有所帮助。