协商解除劳动合同协议书一般由公司的人力资源部门负责开具。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、人力资源部门的职责

人力资源部门是公司中负责员工关系管理、劳动合同签订与解除等事务的核心部门。在协商解除劳动合同的过程中，人力资源部门通常会主导整个流程，包括与员工进行协商、拟定解除协议、办理相关手续等。因此，从职责划分上来看，协商解除劳动合同协议书由人力资源部门开具是合理的。

二、协议书的内容与格式

协商解除劳动合同协议书通常包含双方的基本信息、解除劳动合同的原因、解除时间、经济补偿等关键条款。这些条款的拟定需要遵循相关法律法规的规定，并确保双方的权益得到保障。人力资源部门作为专业的员工关系管理部门，具备拟定此类协议书的专业能力和经验。

三、实际操作中的情况

在实际操作中，虽然人力资源部门是开具协商解除劳动合同协议书的主要部门，但也可能涉及到其他部门的协作。例如，如果解除劳动合同的原因与员工的绩效、违纪等行为有关，那么可能需要与员工的直接上级或相关部门进行沟通，以确保解除协议的合理性和合法性。然而，这并不影响人力资源部门在开具协议书方面的主导地位。

四、法律建议

1. 确保协议书的合法性：在开具协商解除劳动合同协议书时，公司应确保协议书的内容符合相关法律法规的规定，避免出现违法条款或侵犯员工权益的情况。
2. 明确双方的权利与义务：协议书应明确双方在解除劳动合同后的权利与义务，包括经济补偿的支付、社保关系的转移等，以确保双方的权益得到保障。
3. 保留相关证据：在协商解除劳动合同的过程中，公司应保留与员工协商、拟定协议书、办理相关手续等过程中的相关证据，以备不时之需。

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