可以一起申请仲裁，但能否被认定为劳动关系并获得支持，需根据具体情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、从仲裁申请的角度
劳动仲裁的申请并不严格要求所有证据都完备无缺。您提到的“一个公司有实际用工资料，一个公司只有发工资记录”，这两种情况都可以作为申请劳动仲裁的证据。实际用工资料（如工作证、考勤记录、工作邮件等）能够直接证明您与该公司之间存在实际的用工关系；而发工资记录（如银行转账记录、工资条等）则能够证明您与发放工资的公司之间存在经济往来，且这种往来与劳动关系紧密相关。因此，您可以同时以这两家公司为被申请人或以其中一家公司为被申请人向劳动仲裁机构提出仲裁申请。
二、从劳动关系认定的角度
实际用工资料的重要性：
- 实际用工资料是证明劳动关系存在的最直接、最有力的证据。如果能够提供充分、确凿的实际用工资料，如工作证、考勤记录、工作邮件、与上级或同事的沟通记录等，那么劳动仲裁机构或法院很可能会认定您与该公司之间存在劳动关系。
发工资记录的作用：
- 发工资记录虽然不能直接证明劳动关系的存在，但它能够作为辅助证据，证明您与发放工资的公司之间存在经济往来。如果发工资的公司与实际用工的公司是同一公司，那么发工资记录将进一步支持劳动关系的认定。
- 如果发工资的公司与实际用工的公司不是同一公司，那么情况将变得复杂。此时，需要综合考虑其他证据，如劳动合同、工作安排、管理关系等，来判定您与哪家公司存在劳动关系，或者是否同时与两家公司存在劳动关系（如关联企业间的用工关系）。
综合判断：
- 劳动仲裁机构或法院在认定劳动关系时，会综合考虑所有相关证据，包括实际用工资料、发工资记录、劳动合同、工作安排、管理关系等。因此，即使只有发工资记录，如果其他证据能够形成完整的证据链，也有可能被认定为存在劳动关系。
三、法律建议
收集更多证据：
- 除了实际用工资料和发工资记录外，尽量收集其他能够证明劳动关系的证据，如劳动合同、工作证、考勤记录、工作邮件、与上级或同事的沟通记录等。
明确被申请人：
- 在申请劳动仲裁时，需要明确被申请人是谁。如果认为与两家公司都存在劳动关系，可以同时将两家公司列为被申请人；如果认为只与其中一家公司存在劳动关系，则只将该公司列为被申请人。
咨询专业律师：
- 劳动纠纷案件往往涉及复杂的法律关系和证据认定，因此建议在申请劳动仲裁前咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
最后需要强调的是，每个劳动纠纷案件都有其独特性和复杂性，因此上述分析仅供参考。在实际操作中，请务必根据具体情况和法律法规进行判断和决策。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。