政府部门不准供电部门给违章农房供电，这一行为在合法性上需分情况讨论：
从行政权力行使的角度：
- 政府部门作为行政机关，其行政行为必须遵循法定权限和程序。若政府部门以违章建筑为由，直接指令供电部门停止供电，需确保该指令有明确的法律依据。
- 根据《行政处罚法》等相关法律，行政机关对违法行为有权进行处罚，但处罚措施需与违法行为性质、情节及社会危害程度相适应，且需遵循法定程序。若直接断电缺乏明确法律授权或未遵循法定程序，则可能构成行政权力滥用。
从供电合同关系的角度：
- 供电部门与用户之间存在供电合同关系，供电部门有义务按照合同约定提供电力服务。若政府部门指令供电部门停止供电，可能构成对供电合同的干预。
- 除非有明确的法律规定或合同约定，否则政府部门无权直接干预供电合同关系。若政府部门指令缺乏法律依据，供电部门有权拒绝执行，并可能要求政府部门承担因此造成的损失。
从违章建筑处理的角度：
- 违章建筑确实违反了城乡规划等相关法律法规，政府部门有权对其进行查处。但查处措施应限于责令停止建设、限期拆除等，并不直接涉及供电问题。
- 若政府部门认为违章建筑存在安全隐患或影响公共利益，可采取其他合法措施进行处置，如强制拆除、罚款等，而非直接断电。
法律建议：
- 对于政府部门而言，应确保行政行为的合法性和合理性，遵循法定权限和程序进行行政处罚或采取其他措施。
- 对于供电部门而言，应坚守合同原则，在无明确法律依据或合同约定的情况下，拒绝执行政府部门的非法指令。
- 对于违章农房的所有者或使用者而言，若遭遇非法断电，可依法向有关部门投诉或寻求法律救济，维护自身合法权益。
可能的法律后果：
- 若政府部门非法指令供电部门断电，可能面临行政复议或行政诉讼，被确认行政行为违法并承担相应责任。
- 若供电部门非法断电，可能构成违约行为，需承担违约责任并赔偿用户因此造成的损失。
总结：政府部门不准供电部门给违章农房供电的行为，其合法性取决于具体情境和法律依据。在无明确法律授权或未遵循法定程序的情况下，该行为可能构成违法。若您遇到此类问题，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供进一步的法律建议。