处理违法建设时，未经法定程序擅自停止供水供电是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、执法主体与权限
- 法定执法主体：根据《中华人民共和国行政强制法》等相关法律法规，对违法建筑的处理是规划、城管等相关行政部门的职责。这些部门在法定职权范围内，按照法定程序对违法建筑进行调查、取证、作出行政处罚决定等。
- 供水供电公司角色：供水、供电公司并非法定的行政执法主体，其主要职责是提供公共服务，确保正常的水电供应。因此，它们无权擅自因违法建筑而停水停电。
二、合法性与合理性分析
合法性：
- 未经法定程序和行政机关要求，供水供电企业擅自对违法建筑停水停电，属于企业的不当行为，侵害了用户基于供水供电合同所享有的合法权益。
- 即使行政机关有权采取此类措施，也必须确保程序的合法性和正当性，包括明确的法律依据、充分的调查取证、认定该建筑确实属于违法建筑，以及在实施任何措施前书面告知当事人相关的事实、理由和依据，并给予当事人陈述和申辩的机会。
合理性：
- 断水断电等行为会严重影响当事人的基本生活，可能引发社会不稳定因素，甚至构成滥用职权。
- 从合理性和人文关怀的角度出发，也不应轻易采取这种极端措施。行政行为应遵循比例原则，即行政机关在实施行政行为时，应兼顾行政目标的实现和相对人权益的保护。
三、特殊合法情况
尽管一般情况下未经法定程序擅自停水停电是不合法的，但在某些特定情况下，若满足严格的条件和程序，停水停电可能被认为是合法的：
- 行政机关依法决定：行政机关必须依法对违法建筑作出处理决定，并按照法定程序通知违法建筑业主。在合理期限内，如果业主仍未自行拆除违法建筑，行政机关可以依法采取一些必要的措施，包括要求供水、供电公司配合停止对违法建筑部分的水电供应。
- 严格程序保障：在这种情况下，行政机关必须有明确的法律依据和严格的程序保障，以确保行为的合法性和合理性。这包括但不限于调查取证、听证、公告等程序。
四、建议与措施
- 依法查处与拆除：相关部门应依法对违法建筑进行查处，并按照法定程序进行拆除。这包括但不限于调查取证、认定违法事实、作出处罚决定以及执行拆除等步骤。
- 加强法律法规宣传与教育：通过加强法律法规的宣传和教育，提高公众的法制意识和规划意识，从源头上减少违法建筑的产生。这有助于构建一个更加和谐、有序的城市环境。
若遇到类似情况，建议当事人及时咨询我，以维护自己的合法权益。同时，也呼吁相关部门加强监管，确保执法行为的合法性和规范性。