当行政协议被确认无效后，行政机关应依据具体情况采取相应的处置措施，主要包括返还财产、折价补偿、赔偿损失、追缴财产以及纠正违法行政行为。以下是对这些处置措施的详细阐述：
一、返还财产
当行政协议被认定无效后，因该协议取得的财产应予以返还，旨在恢复到协议订立前的状态。例如，在土地出让协议无效的情况下，出让方需退还受让方已支付的土地出让金，同时受让方需将土地返还给出让方。对于地上未经合法审批的建筑物，则需根据具体情况进行处理，如拆除或依法补办手续等。
二、折价补偿
若财产无法返还或无需返还（如已被消耗、毁损或无法恢复原状），则应进行折价补偿。以政府采购协议为例，若该协议无效且产品为定制无法转售，行政机关应按产品成本及合理利润等因素折价补偿给企业。折价补偿的金额应基于公平、合理的原则进行确定，确保双方的权益得到平衡。
三、赔偿损失
有过错的一方需赔偿对方因此遭受的损失，包括直接损失和具有可预见性的间接损失。若双方均有过错，则各自承担相应责任。例如，因行政机关超越法定职权导致合作开发项目协议无效，行政机关需对公司前期投入的市场调研、专业团队费用等损失承担赔偿责任。同时，若公司存在过错，如未尽到合理的审查义务，也需分担部分损失。
四、追缴财产
若双方恶意串通损害国家利益、社会公共利益，所取得的财产应收归国家所有或返还集体、第三人。这一措施旨在打击违法行为，维护社会公共利益。例如，在涉及国有资产转让的行政协议中，若双方恶意串通以低价转让国有资产，导致国家利益受损，相关财产应被追缴并返还给国家。
五、纠正违法行政行为
对于导致行政协议无效的违法行政行为，行政机关需进行纠正。这包括重新按照法定程序进行行政决策、审批等，并可能对相关责任人员依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。例如，若行政机关在签订行政协议时未履行必要的审批程序，导致协议无效，行政机关应重新履行审批程序，并对相关责任人员进行问责。
法律建议：
严格审查协议内容：行政机关在签订行政协议前，应严格审查协议内容是否合法合规，确保协议不违反法律法规的强制性规定，不损害国家利益、社会公共利益或集体利益。
遵循法定程序：行政机关在签订和履行行政协议过程中，应遵循法定程序，确保协议的订立和履行符合法律要求。
积极承担责任：对于因行政机关过错导致的协议无效，行政机关应积极承担责任，妥善处理后续事宜，以维护公民的合法权益和社会公共利益。
加强法律培训：行政机关应加强对工作人员的法律培训，提高其法律意识和法律素养，减少因法律知识欠缺而导致的协议无效风险。
可能法律后果：
若行政机关未依法处置无效行政协议，可能面临法律责任和声誉损失。例如，因未返还财产或未赔偿损失而导致对方提起诉讼或申请行政复议，行政机关可能面临败诉风险，并需承担相应的法律责任。同时，此类事件还可能对行政机关的声誉造成负面影响，降低公众对行政机关的信任度。因此，行政机关应高度重视无效行政协议的处置工作，确保依法、公正、合理地处理相关事宜。