个人申请工伤认定并不难，但需满足一定条件并遵循法定程序，公司不配合不会直接导致申请失败，但可能增加举证难度。以下是具体分析：
1. 个人申请工伤认定的法律依据
根据《工伤保险条例》第十七条，用人单位未在事故伤害发生之日起30日内提交工伤认定申请的，工伤职工或其近亲属、工会组织可在1年内直接向社会保险行政部门提出申请。因此，即使公司拒绝配合，您仍有权自行申请。
2. 个人申请需准备的材料
申请时需提交以下核心材料（具体以当地社保部门要求为准）：
- 工伤认定申请表（需填写事故经过、时间、地点等）；
- 劳动关系证明（如劳动合同、工资流水、工作证等）；
- 医疗诊断证明（医院出具的病历、诊断书、检查报告等）；
- 其他证据（如证人证言、现场照片、监控录像等，用于证明事故与工作相关）。
关键点：若公司拒绝提供劳动关系证明（如劳动合同），您可通过工资转账记录、考勤记录、同事证言等替代材料证明劳动关系。
3. 公司不配合可能带来的影响及应对
- 举证责任：公司若否认工伤，需承担举证责任（如证明事故非工作原因导致）。若公司拒绝配合，社保部门可能依据您提供的证据作出认定。
- 调查程序：社保部门受理申请后，会自行调查核实（如询问证人、调取监控等），公司不配合不会直接阻碍认定流程。
- 行政处罚：若公司故意隐瞒或伪造证据，可能面临行政处罚（如罚款），但这不影响您的申请结果。
4. 个人申请的注意事项
- 时效性：务必在1年内提出申请，逾期将丧失权利。
- 证据收集：事故发生后应尽快固定证据（如拍照、录像、保存医疗记录）。
- 法律程序：若社保部门不予认定，您可在60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。
5. 建议行动步骤
- 立即收集证据：包括医疗记录、劳动关系证明、事故现场证据等；
- 向社保部门提交申请：携带材料到当地社保局工伤科办理；
- 跟进处理进度：定期联系社保部门询问认定结果；
- 寻求法律支持：若公司阻挠或社保部门拖延，可联系我进一步协助。
总结：公司不配合不会剥夺您申请工伤认定的权利，但需主动准备证据并遵循法定程序。如有具体问题（如证据收集、申请流程细节），可直接向我咨询，我会为您详细解答。