员工入职时不可以单独签订试用期合同，而应直接签订劳动合同，并在合同中明确约定试用期（如需）。以下是对这一问题的详细解答：

一、法律规定

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：

1. 劳动合同的必要性：建立劳动关系时，应当订立书面劳动合同。这一规定明确了无论是正式期还是试用期，只要建立了劳动关系，就必须签订书面合同。

2. 试用期与劳动合同的关系：试用期是包含在劳动合同期限内的，不是独立于劳动合同之外的特殊时期。因此，试用期内也必须签订劳动合同。

3. 试用期期限的规定：劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。以完成一定工作任务为期限的劳动合同或者劳动合同期限不满三个月的，不得约定试用期。

二、单独签订试用期合同的弊端

1. 违反法律规定：单独签订试用期合同可能被视为规避法律责任的行为，一旦发生劳动争议，用人单位可能面临法律风险，如支付双倍工资或被视为已订立无固定期限劳动合同。

2. 劳动者权益受损：单独签订试用期合同可能导致劳动者在试用期内无法享受与正式员工同等的待遇和保障，如社会保险、带薪年假等。同时，如果用人单位在试用期结束后无故解除劳动关系，劳动者可能难以维护自己的合法权益。

3. 不利于建立稳定的劳动关系：单独签订试用期合同可能让劳动者感到缺乏归属感和安全感，从而影响其工作积极性和忠诚度。长期来看，这不利于用人单位建立稳定、和谐的劳动关系。

三、正确做法

1. 直接签订劳动合同并约定试用期：用人单位在招聘新员工时，应直接与其签订劳动合同，并根据实际情况在合同中明确约定试用期（如需）。这样既能确保劳动合同的合法性，又能保障劳动者的合法权益。

2. 明确试用期条款：在劳动合同中明确约定试用期的期限、工资待遇、考核标准等内容，以便双方共同遵守。这有助于减少劳动争议的发生，并保障劳动关系的和谐稳定。

四、建议

为了保障自己的合法权益，劳动者在入职时应确保与用人单位签订书面的劳动合同，并在合同中明确约定试用期、工作内容、工作地点、劳动报酬等关键条款。如遇任何疑问或争议，劳动者应及时咨询专业律师或相关机构以获取法律帮助，维护自己的合法权益。