关于“保安证扣2000有协议是否违规”的问题，结论需分情况讨论：

1. 若协议内容合法且双方自愿签署：

   • 协议中若明确约定了因保安证相关事宜（如培训、考核、证件管理等）需扣除一定费用，且该费用标准合理、不违反法律法规的强制性规定（如不高于实际成本、不构成变相收费等），同时双方在签署协议时均处于自愿、平等的位置，未受到欺诈、胁迫等不正当影响，则此类扣除行为通常不构成违规。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同效力的规定，合法有效的合同对双方具有约束力，双方应按照合同约定履行各自义务。

2. 若协议内容违法或存在显失公平的情况：

   • 如果协议中扣除2000元的条款违反了法律法规的强制性规定（如无明确法律依据的乱收费），或者该条款明显显失公平（如扣除费用远高于实际成本、未提供相应服务或价值等），则此类扣除行为可能构成违规。
   • 法律后果：根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销该合同条款，并可能要求返还已扣除的不合理费用。

3. 若协议未明确约定扣除事项或约定不明：

   • 如果协议中未明确约定因保安证相关事宜需扣除费用，或者约定不明确导致双方对扣除事项存在争议，则此类扣除行为可能缺乏合法依据，构成违规。
   • 解决建议：在此情况下，双方应首先通过协商解决争议；协商不成的，可以寻求第三方调解或依法向人民法院提起诉讼。

进一步思考与建议：

• 在签署任何涉及费用扣除的协议前，务必仔细阅读协议条款，确保理解并同意其中的内容。
• 如对协议条款存在疑问或不确定其合法性，建议咨询专业律师进行审查。
• 若已遭遇不合理的费用扣除，应保留相关证据（如协议、付款凭证等），并及时采取法律措施维护自身权益。

如有具体协议内容或相关证据需要分析，请直接向我咨询，我将根据具体情况提供更详细的法律意见。