药物分子中改变一个原子，并不一定就不算侵权，这取决于多种因素。以下从不同角度进行分析：

1. 专利保护范围：

   • 药物分子结构通常受到专利保护。专利的保护范围由权利要求书界定，它详细描述了专利所覆盖的技术特征。
   • 如果改变一个原子后的药物分子仍然落在原专利的权利要求范围内，那么这种改变可能仍然构成侵权。例如，如果专利保护的是一类具有特定药效的化合物，而改变原子后的药物仍然属于这类化合物，并且具有相同的药效，那么就可能侵权。
   • 反之，如果改变后的药物分子超出了原专利的保护范围，那么可能不构成侵权。但这需要具体分析专利的权利要求书以及改变后的药物分子结构。

2. 等同原则：

   • 在专利侵权判断中，有一个重要的原则叫做“等同原则”。它指的是，即使被控侵权产品或方法与专利权利要求书中的技术特征不完全相同，但如果它们以实质上相同的方式执行了相同的功能，并且达到了相同的效果，那么也可能被视为侵权。
   • 因此，即使药物分子中只改变了一个原子，但如果这个改变并没有实质性地改变药物的药效或作用方式，那么根据等同原则，仍然可能构成侵权。

3. 具体案例与司法实践：

   • 实际的侵权判断往往依赖于具体的案例和司法实践。不同的法院、不同的法官可能对相同的案件事实有不同的理解和判断。
   • 在一些案例中，即使药物分子结构只有微小的改变，但如果这种改变足以使药物具有新的、独特的药效或作用方式，那么可能不被视为侵权。然而，在其他案例中，即使改变很小，也可能因为仍然落在原专利的保护范围内而被视为侵权。

4. 法律建议：

   • 对于药物研发企业来说，在研发新药物时，应该仔细研究相关的专利文献，确保自己的研发成果不会侵犯他人的专利权。
   • 如果怀疑自己的药物分子结构可能侵犯了他人的专利权，应该及时咨询专业的律师或专利代理人，进行全面的专利侵权分析。

总结来说，药物分子中改变一个原子是否构成侵权，并不是一个简单的是非问题。它取决于专利的保护范围、等同原则的应用、具体的案例和司法实践等多种因素。因此，在涉及药物分子结构的研发和专利保护时，应该谨慎行事，并咨询专业的法律人士。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。