针对承包人与他人签订分包合同，且经鉴定分包合同工程款低于分包合同约定的情况，法院在处理时通常会考虑以下几个方面：
合同效力与履行情况：
- 法院首先会审查分包合同的效力，包括合同是否依法成立、是否违反法律法规的强制性规定等。若合同有效，法院将进一步审查合同的实际履行情况，包括工程款的支付情况、工程进度等。
- 若分包合同工程款确实低于约定，且承包人未能提供合理理由（如工程量减少、设计变更等），则可能构成违约。
违约责任与赔偿：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于合同违约的规定，若承包人未按约定支付工程款，分包人有权要求承包人承担违约责任，包括支付拖欠的工程款及可能的违约金。
- 法院在判决时，会综合考虑双方的实际损失、合同履行情况、过错程度等因素，合理确定违约责任的承担方式和赔偿范围。
鉴定意见的采纳：
- 若经专业机构鉴定，分包合同工程款确实低于约定，且鉴定程序合法、鉴定意见客观公正，法院通常会采纳该鉴定意见作为判决的依据。
- 承包人若对鉴定意见有异议，可在法庭上提出反驳证据或申请重新鉴定，但需承担相应的举证责任。
可能的法律后果：
- 若法院认定承包人存在违约行为，可能会判决承包人支付拖欠的工程款及违约金，甚至可能因违约情节严重而解除分包合同。
- 同时，承包人的违约行为还可能影响其商业信誉，对其未来的业务发展产生不利影响。
法律建议：
- 对于承包人而言，应严格遵守合同约定，按时足额支付工程款，避免产生违约行为。若因特殊原因需调整工程款，应与分包人协商一致并签订补充协议。
- 对于分包人而言，若发现承包人未按约定支付工程款，应及时与承包人沟通协商，若协商无果，可依法向法院提起诉讼或申请仲裁，维护自身合法权益。
具体案例参考（虽不直接对应，但提供类似情境处理思路）：
- 在类似的建设工程分包合同纠纷中，法院通常会根据合同约定、实际履行情况、双方过错程度等因素，综合判断并作出公正判决。例如，若承包人因资金链断裂无法按时支付工程款，但积极与分包人协商并制定还款计划，法院可能会酌情减轻其违约责任。
总结：
法院在处理承包人与他人签订的分包合同工程款低于约定的情况时，会综合考虑合同效力、履行情况、违约责任、鉴定意见等多方面因素。因此，建议双方在签订合同时应明确约定工程款支付方式、时间等关键条款，并在履行过程中保持沟通协商，以避免产生不必要的法律纠纷。若遇到法律问题，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。