结论概述：在承包人先主张了部分工程款，法院已判决后，承包人又主张剩余工程款的情况下，法院的处理方式会取决于多个因素，包括但不限于剩余工程款的性质、是否已包含在先前的诉讼请求中、以及是否存在新的证据或事实等。以下是对此问题的详细分析：

1. 剩余工程款是否已包含在先前诉讼请求中：

   • 如果承包人在先前的诉讼中已经明确提出了全部工程款的请求，但法院基于某些原因（如证据不足、双方争议等）只判决了部分工程款，那么承包人再次主张剩余工程款时，法院可能会认为这是对同一法律关系的重复诉讼，从而驳回其请求或要求其提供新的证据。
   • 如果承包人在先前的诉讼中只主张了部分工程款，而明确保留了对剩余工程款的请求权，或者剩余工程款是基于后续新发生的事实或证据而产生的，那么承包人再次主张剩余工程款时，法院通常会受理并依法进行审理。

2. 是否存在新的证据或事实：

   • 如果承包人能够提供新的证据或事实来支持其剩余工程款的请求，比如新的工程量确认单、变更签证单等，那么法院在受理案件后，会根据这些新证据或事实来重新审查并作出判决。
   • 如果没有新的证据或事实，且剩余工程款确实属于先前诉讼请求的一部分，那么法院可能会认为承包人的请求缺乏法律依据，从而驳回其请求。

3. 法律程序与实体权利的关系：

   • 从法律程序的角度来看，承包人需要确保其诉讼请求的明确性和完整性，避免在诉讼过程中遗漏或变更诉讼请求，以免影响其实体权利的实现。
   • 从实体权利的角度来看，承包人有权要求发包人支付其已完成工程的全部工程款。如果发包人未支付或未完全支付，承包人有权通过法律途径来维护自己的合法权益。

4. 实际操作建议：

   • 承包人在提起诉讼前，应仔细审查合同条款、工程量确认单、变更签证单等证据材料，确保其诉讼请求的明确性和完整性。
   • 如果承包人在先前的诉讼中只主张了部分工程款，而剩余工程款确实存在且未包含在先前诉讼请求中，那么承包人应在法律规定的诉讼时效期间内及时提起诉讼，以免丧失其请求权。
   • 在诉讼过程中，承包人应积极配合法院的审理工作，提供充分的证据来支持其诉讼请求，并关注法院的判决结果。如果对判决结果不服，承包人可以在法定期限内提起上诉或申请再审。

特殊情况说明：如果剩余工程款是由于发包人违约或违法行为导致的，比如发包人未按照合同约定支付工程款、擅自变更工程设计等，那么承包人在主张剩余工程款时，还可以同时要求发包人承担违约责任或赔偿责任。这种情况下，法院在审理案件时，会综合考虑合同条款、双方行为、损失情况等因素来作出判决。

总结与建议：承包人在主张剩余工程款时，应仔细审查合同条款和证据材料，确保其诉讼请求的明确性和完整性。如果存在疑问或不确定的情况，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。同时，承包人也应关注诉讼时效期间和法院的判决结果，以便及时采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。