法院一般会裁定终结本次执行程序或中止执行，但具体处理方式需结合还款协议的性质和履行情况来判断。以下从不同角度详细分析：

1. 若还款协议属于执行和解协议

根据《民事诉讼法》第2三十七条及《最高人民法院关于执行和解若干问题的规定》，若双方在执行阶段达成书面和解协议，且协议内容符合法律规定（如不损害第三方利益、不违反法律强制性规定），法院会依债权人申请裁定终结本次执行程序。此时：

• 债权人反悔申请执行：若债务人已按和解协议部分履行，但债权人以“原生效判决”为由申请恢复执行，法院会审查债务人是否构成“根本违约”（如未按期履行剩余债务、明确表示不履行等）。

  • 若未根本违约：法院会驳回债权人申请，要求其继续履行和解协议；
  • 若已根本违约：法院可恢复对原判决的执行，但已履行部分会从执行标的中扣除。

• 关键点：和解协议需经法院确认或记录在案，否则可能被认定为“私下达成的协议”，不影响执行程序。

2. 若还款协议属于诉讼外和解（未提交法院）

若双方在一审判决后、执行程序启动前自行达成还款协议，但未向法院提交或申请中止执行，此时：

• 债权人仍可申请执行：因还款协议未纳入法院执行监督范围，债权人有权依据原生效判决申请强制执行；
• 债务人可提出异议：债务人可向法院提交还款协议及履行证据，主张“已部分履行”或“双方达成新合意”，请求法院中止执行或调整执行标的。法院会审查协议真实性及履行情况，若属实，可能裁定中止执行或扣减已履行部分。

3. 若还款协议涉及以物抵债或债务转移

若还款协议约定以物抵债、第三方代偿等特殊履行方式，需注意：

• 以物抵债：需完成物权变动登记（如房产过户）或交付，否则债权人可主张协议未履行，要求继续执行原判决；
• 债务转移：需经原债权人书面同意，否则对债权人不生效，债务人仍需承担原债务。

实务建议

1. 对债务人：

   • 签订还款协议时，务必要求债权人出具“暂缓执行申请”或共同向法院提交和解协议，确保协议纳入执行监督；
     
   • 保留履行证据（如转账记录、收条、沟通记录），避免债权人反悔时举证困难。

2. 对债权人：

   • 若接受部分履行后反悔，需证明债务人构成根本违约（如明确拒绝履行剩余债务），否则可能承担违约责任；
     
   • 签订协议时可约定“若债务人未按期履行，债权人有权恢复执行原判决”，增强协议约束力。

总结：法院的处理方式取决于还款协议是否纳入执行程序、是否履行完毕及是否存在违约情形。建议双方在达成协议时明确权利义务，并主动与法院沟通，避免后续纠纷。若有具体案件细节，可进一步向我咨询。