结论：社保只算44年工龄是否合法需分情况判断，若档案记载与社保系统存在1年差异，可能因计算规则、材料缺失或政策衔接导致，需结合具体原因分析合法性。以下是具体分析：

1. 若差异源于“视同缴费年限”未被认定

根据《社会保险法》及相关规定，工龄计算需区分“实际缴费年限”和“视同缴费年限”（如1992年前未建立社保制度时的连续工龄）。若档案记载的45年工龄中包含1年未缴纳社保但符合视同缴费条件的年限（如国企固定工身份、档案中有招工表等原始材料），而社保部门未认定该年限，则可能构成违法。
应对建议：要求社保部门出具《不予认定视同缴费年限通知书》，核对档案中招工表、工资单、调动文件等原始材料是否齐全，若材料完整可申请行政复议或提起行政诉讼。

2. 若差异源于“实际缴费年限”计算错误

社保系统仅统计实际缴纳社保的月份，若档案记载的45年工龄中存在1年未缴费（如单位漏缴、个人中断缴费），则社保部门按实际缴费44年计算合法。但若单位已申报缴费但社保系统未录入，或存在系统录入错误，则属于违法。
应对建议：向社保部门申请《养老保险个人账户对账单》，核对每一年度的缴费记录，若发现漏缴或错录，可要求单位补缴或社保部门更正。

3. 若差异源于“政策衔接”问题

部分地区在社保制度并轨时（如从机关事业养老保险转入企业职工养老保险），可能因政策衔接导致1年工龄未被计入。例如，某地规定1993年前工龄需提供特定证明文件，若未提供则不予认定。
应对建议：查询当地社保政策文件，确认是否需补充材料（如原单位出具的工龄证明、档案保管部门出具的存档证明等），若政策要求合理但材料缺失，可补充材料后申请重新认定。

4. 若差异源于“档案材料瑕疵”

档案记载的工龄需有连续性材料支撑（如每年度的考核表、工资调整表等），若档案中缺失1年的关键材料，社保部门可能不予认定。例如，1985年-1990年档案中缺少1988年的工资单，导致该年工龄无法确认。
应对建议：联系原单位或档案保管部门补办缺失材料，或提供其他佐证（如同事证言、单位出具的工龄证明等），申请社保部门复核。

总结：社保只算44年工龄是否合法，需结合档案材料、缴费记录、政策规定综合判断。若您认为社保部门认定有误，可携带档案材料、缴费凭证等向我咨询，我将协助您分析具体原因并制定维权方案。