结论：在国企总经理被免职但尚未任命新总经理的情况下，工商系统中的变更通常不能直接进行，需要依据公司章程和相关法律法规完成必要的内部程序和文件准备后，方可进行工商变更登记。

分析：

1. 工商变更登记的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国公司法》及相关工商登记管理条例，公司的高级管理人员（包括总经理）的变更，通常需要在工商系统中进行相应的变更登记。这一登记过程是为了确保公司信息的准确性和公开性，保护交易相对方的利益。

2. 总经理免职与任命新总经理的程序：

   • 在国企中，总经理的免职和任命通常遵循公司章程和内部管理规定，可能涉及董事会决议、上级主管部门批准等程序。
   • 当总经理被免职但尚未任命新总经理时，公司处于一个过渡阶段。在这个阶段，虽然总经理职位空缺，但并不意味着可以直接在工商系统中进行变更登记。

3. 工商变更登记的时机与条件：

   • 工商变更登记通常需要在公司完成内部程序（如董事会决议、任命新总经理等）并准备好相关文件（如变更登记申请书、新任总经理的身份证明等）后进行。
   • 在总经理被免职但尚未任命新总经理的情况下，由于缺少新任总经理的信息和相关任命文件，因此通常无法直接进行工商变更登记。

4. 可能的法律后果与建议：

   • 如果公司在未完成必要程序和文件准备的情况下擅自进行工商变更登记，可能会面临工商行政管理部门的处罚，甚至可能引发法律纠纷。
   • 因此，建议公司在总经理被免职后，尽快按照公司章程和相关法律法规完成新任总经理的任命程序，并准备好相关文件后再进行工商变更登记。

特殊情况考虑：

• 如果公司章程或相关法律法规有特别规定，允许在总经理职位空缺期间进行某种形式的临时登记或备注，那么公司可以依据这些规定进行操作。但这种情况较为罕见，且需要严格遵循相关法律法规和公司章程的规定。

总结与建议：

• 在国企总经理被免职但尚未任命新总经理的情况下，工商系统中的变更通常不能直接进行。
• 公司应尽快完成新任总经理的任命程序，并准备好相关文件后再进行工商变更登记。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。