结论：公司工商变更登记时，不设总经理是可以的，但需根据公司的具体情况和公司章程的规定来操作。
分析说明：
公司章程的自主性：
- 根据《公司法》的相关规定，公司章程是公司组织和活动的基本准则，具有自治性。公司章程可以规定公司的组织机构及其职权，包括是否设立总经理职位以及总经理的职权范围等。
- 如果公司章程中未规定必须设立总经理职位，或者明确规定了可以不设总经理，那么公司在工商变更登记时就可以不设总经理。
工商变更登记的要求：
- 工商变更登记是公司根据经营需要或法律规定，对其登记事项进行变更并依法向登记机关申请变更登记的行为。
- 在进行工商变更登记时，公司需要提交相关文件，包括公司章程、股东会或董事会决议等，以证明变更事项的合法性和合规性。
- 如果公司决定不设总经理，并已经修改了公司章程或通过了相关决议，那么就可以在工商变更登记时提交这些文件，完成不设总经理的变更登记。
不设总经理的考虑因素：
- 公司规模：对于规模较小的公司，可能不需要设立总经理职位，由董事长或执行董事直接管理公司事务。
- 管理结构：公司可以根据自身的管理结构和业务需求，决定是否设立总经理职位。例如，一些公司可能更倾向于扁平化管理，减少管理层级，提高决策效率。
- 法律规定：虽然《公司法》未强制要求公司必须设立总经理职位，但公司在决定不设总经理时，仍需确保符合其他相关法律法规的规定，如劳动法、税法等。
法律建议：
- 如果公司考虑不设总经理职位，建议首先审查公司章程的规定，确保符合章程的要求。
- 如果公司章程未规定必须设立总经理或允许不设总经理，建议召开股东会或董事会，通过相关决议，并修改公司章程（如需）。
- 在进行工商变更登记时，确保提交的文件齐全、合法、有效，以顺利完成变更登记手续。
可能后果：
- 如果公司未按照公司章程或法律规定进行工商变更登记，可能会面临登记机关的处罚或责令改正的风险。
- 不设总经理可能会影响公司的管理结构和运营效率，公司需根据自身情况谨慎决策。
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