公司保密制度是否需要支付保密费用，需分情况讨论：

1. 仅约定保密义务，无竞业限制条款

• 无需支付保密费：根据《劳动合同法》及相关司法实践，员工在职期间的保密义务属于法定义务，基于诚实信用原则和职业道德产生。即使保密协议未约定保密费，员工仍需保守公司商业秘密。
• 法律依据：用人单位向员工支付的工资中，已隐含了对保密义务的对价。因此，公司无需额外支付保密费。
• 示例：若公司仅与员工签订保密协议，未涉及竞业限制，员工在职期间泄露商业秘密，公司可追究其法律责任，但无需支付保密费。

2. 约定保密义务且包含竞业限制条款

• 需支付竞业限制补偿金：若保密协议中包含竞业限制条款（如离职后一定期限内不得从事同类业务），公司需在竞业限制期限内按月支付经济补偿。
• 补偿标准：双方可约定补偿数额和支付方式；未约定的，可参照《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第三十六条，按劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月平均工资的30%按月支付，且不得低于劳动合同履行地最低工资标准。
• 示例：员工离职后，公司要求其2年内不得加入竞争对手，并签订竞业限制协议。若协议未约定补偿金，公司仍需按法定标准支付，否则员工可主张协议无效或要求补偿。

3. 特殊情形：保密费是否属于工资

• 法理争议：国家统计局《关于工资总额组成的规定》未明确保密费是否属于工资，但司法实务中倾向于认为，若保密费以现金形式发放且非报销性质，可能被认定为工资组成部分。
• 实务建议：为避免争议，公司可在保密协议中明确保密费性质（如独立于工资的专项补贴），并约定支付条件。

法律建议

1. 明确协议条款：签订保密协议时，应区分保密义务与竞业限制，避免混淆。若需竞业限制，务必约定补偿标准及支付方式。
2. 合规支付：对竞业限制员工，公司需按期支付补偿金，否则员工可主张解除竞业限制义务或要求赔偿。
3. 保留证据：公司应留存保密协议、补偿金支付记录等证据，以备纠纷时举证。

总结：公司保密制度本身不必然要求支付保密费，但若涉及竞业限制，则需依法支付补偿金。建议根据业务需求和员工岗位，合理设计保密协议条款。如有具体协议或纠纷，可进一步向我咨询。