针对您提出的“合同中约定了违约金，但员工提出辞职时，单位不想要违约金，该怎么处理合适”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析和解答：

一、理解违约金约定的合法性

首先，需要明确的是，劳动合同中约定的违约金必须合法有效。通常，合法的违约金约定包括两种情况：

1. 服务期违约金：如果用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并约定了服务期，劳动者在服务期内提出辞职，可能需要按照约定支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且以未履行服务期部分所应分摊的培训费用为限。

2. 竞业限制违约金：如果劳动合同中约定了竞业限制条款，劳动者在竞业限制期限内违反约定，可能需要支付违约金。竞业限制的期限一般不得超过两年，违约金数额需双方合理约定。

二、单位不想要违约金的情况分析

如果单位不想要违约金，可能有以下几种原因：

1. 违约金约定不合理：单位可能认为原先约定的违约金数额过高或过低，不符合实际情况。

2. 员工表现优秀：员工在单位工作期间表现优秀，单位出于人性化考虑，不希望因违约金问题影响员工的前途。

3. 避免法律纠纷：单位可能担心因违约金问题引发法律纠纷，影响单位声誉。

三、处理建议

针对单位不想要违约金的情况，以下是一些处理建议：

1. 协商解决：

   • 单位可以与员工进行友好协商，就违约金问题达成一致意见。
   • 协商过程中，可以充分考虑员工的实际情况和单位的利益，寻求双方都能接受的解决方案。

2. 调整违约金条款：

   • 如果原先约定的违约金数额不合理，单位可以与员工协商调整违约金条款。
   • 调整后的违约金数额应更加合理，符合实际情况和法律规定。

3. 放弃违约金：

   • 如果单位出于人性化考虑或避免法律纠纷，可以选择放弃违约金。
   • 放弃违约金前，单位应确保此决定不会对单位造成重大损失，并考虑其他可能的补偿方式（如提供推荐信、职业发展规划等）。

4. 法律途径：

   • 如果双方无法就违约金问题达成一致意见，且单位认为有必要维护自身权益，可以通过法律途径解决。
   • 法律途径包括劳动仲裁和诉讼等，由仲裁机构或法院根据实际情况和法律规定来判定违约金是否合理及应否支付。

四、注意事项

• 在处理违约金问题时，单位应确保自身行为符合法律法规和劳动合同约定。
• 协商过程中，单位应保持与员工的良好沟通，避免因沟通不畅引发不必要的纠纷。
• 如果选择法律途径解决，单位应准备好相关证据材料，以便在仲裁或诉讼过程中维护自身权益。

综上所述，针对单位不想要违约金的情况，建议通过协商解决、调整违约金条款、放弃违约金或法律途径等方式进行处理。具体选择哪种方式，应根据实际情况和单位利益进行综合考虑。