甲方招标确定的专业中标单位，在符合法律规定和合同约定的情况下，是可以与总包签订合同的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律角度
招标投标法规定：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》的相关规定，招标人（甲方）通过公开招标或邀请招标的方式，选择符合条件的中标单位。中标单位一旦确定，即与招标人形成合同关系的基础。
- 若招标文件中明确允许或未禁止中标单位与总包签订合同，且该安排不违反法律的强制性规定，那么中标单位与总包签订合同是合法的。
合同自由原则：
- 在不违反法律、行政法规的强制性规定和公序良俗的前提下，合同当事人享有自愿订立合同的权利。因此，如果甲方、中标单位和总包三方协商一致，且合同内容合法，那么他们之间的合同关系是受法律保护的。
二、合同约定角度
招标文件内容：
- 招标文件是招标活动的依据，其中会明确中标后合同的签订方式、主体等关键条款。如果招标文件规定中标单位需与总包签订合同，或者未对此进行明确限制，那么中标单位与总包签订合同就是符合招标文件要求的。
中标通知书与合同条款：
- 中标通知书发出后，招标人和中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。如果合同条款中明确规定了中标单位与总包的关系及合同签订方式，那么双方应严格遵守。
三、实际操作角度
项目管理与协调：
- 在建设工程中，总包通常负责整个项目的协调与管理。如果甲方招标确定的专业中标单位（如分包单位）需要与总包签订合同，这有助于项目的整体管理和协调，确保工程质量和进度。
风险分担与责任明确：
- 通过总包与分包单位之间的合同，可以明确双方的权利和义务，包括工程质量、进度、安全等方面的责任。这有助于降低项目风险，保障各方的合法权益。
四、注意事项
- 合同审查：在签订合同前，各方应仔细审查合同条款，确保合同内容合法、合规，并明确各方的权利和义务。
- 法律咨询：如果涉及复杂的法律问题或合同条款，建议咨询专业律师，以确保合同的合法性和有效性。
- 变更管理：如果在合同履行过程中需要变更合同内容或签订主体，应按照法律规定和合同约定进行，并确保变更的合法性和有效性。
建议您：在实际操作中，务必确保所有合同活动都符合法律法规的要求，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果您在建设工程领域有任何法律问题，都可以直接向我咨询。